1. 연구 착수 시점에 연구수당 지급(1개월 이내)한 경우 : 연구개시(1개월 내)는 성과가 없는 상태이므로 지급 수당 환수

2. 평가결과는 동일하나 연구수당 배분 금액이 상이한 경우

3. 평가결과는 상이하나 연구수당 배분금액이 동일한 경우

4. 한 연구과제에서 2번 이상 평가하여 평가점수가 동일하나 연구수당 지급 금액이 상이한 경우

5. 연구수당을 매월 정액으로 지급한 경우 : 연구수당은 인건비가 아니므로 매월 지급은 환수

6. 평가시점이 상이하나 평가 결과는 같고 연구수당 지급 금액이 다른 경우

7. 연구수당 지급 금액이 성과와 무관하거나 일관성이 없는 경우

8. 평가결과 비율이 소수점 등으로 계산하기 어려운 비율로 계상한 경우

9. 연구개발계획서 상의 금액을 초과하여 사용한 금액(인건비를 연구개발계획서 상의 금액보다 증액한 경우에도 연구수당을 연구계획서 상의 금액보다 증액할 수 없음)

10. 기여도 평가 등 합리적인 기준 없이 지급한 금액

11. 연구책임자 단독으로 지급 받은 금액, 단 참여연구원(연구책임자) 1인 과제 제외

12. 인건비(내부 참여연구원이 참여율에 의해 산출한 현물 인건비 포함. 내부 참여연구원의 참여율이 줄어들어 현물인건비 줄어들 경우에도 연동하여 연구수당 감액해야 함)를 연구개발계획서 상의 금액보다 감액한 경우 이에 비례하여 연구수당을 감액하지 아니하고 지급한 금액