	보도자료

보도 시점	2026. 1. 12.(월) 10:00	배포	2026. 1. 12.(월) 09:00

국가 연구개발(R&D) 예산 편성,
부처 간 칸막이 없앤다.

- 상설 협의체 신설, 상호 참여 확대로 전문성과 재정 효율성 동시 확보

- 연구개발 신규사업에 대한 관리 체계도 함께 개선

기획예산처(이하 기획처)와 과학기술정보통신부(이하 과기부)는 기획처 신설을 계기로, 연구개발 투자의 효율성과 일관성을 높이기 위해 연구개발 예산 편성에 있어 양 부처 간 협력을 강화해 나가기로 하였다.

현재 전체 연구개발 예산(’26년 35.5조 원)의 85.3%를 차지하는 주요 연구개발 예산(’26년 30.5조 원)은 과기부 과학기술혁신본부에서 배분·조정안을 우선 마련하고, 이를 바탕으로 기획처가 최종 예산안을 편성하는 방식으로 운영되고 있다. 이러한 구조는 연구개발 사업의 특수성을 고려한 기술적 검토와 재정적 관점에서의 분석을 동시에 반영할 수 있다는 장점이 있지만, 부처 간 칸막이로 소통이 원활하지 못했다는 일부 지적이 제기되기도 하였다.

이에 기획처와 과기부 과학기술혁신본부는 연구개발 예산 편성 과정에서 사전 협의와 공동 검토를 강화하는 방향으로 부처 간 협업 방식을 한 단계 발전시켜 나가기로 하였다. 이번 개편의 핵심은 기술적 전문성 검토와 재정 운용 원칙을 조화롭게 반영할 수 있도록 양 부처가 초기 단계부터 충분히 논의하고 책임을 공유하는 협력 체계를 구축하는 것이다.

[➊ 연구개발 예산 상설 협의체 신설]

먼저, 기획처와 과기부 과학기술혁신본부 간 협력･소통 통로를 제도화하기 위해 ｢연구개발 예산 협의회｣를 신설한다. 그동안 양 부처 간 소통이 실무 차원의 비공식 논의에 주로 의존하면서, 주요 쟁점에 대한 협의가 체계적으로 이루어지기 어려웠다는 지적이 있었다. 이에 앞으로는 국장급 상설 협의체를 매월 1회 정례적으로 운영하여, 정부 연구개발 중점 투자 방향, 지출 효율화 방안, 신규사업 검토 등 의제를 시기별로 폭넓게 논의할 계획이다. 아울러, 주요 사안에 대해서는 기획처 차관과 과기부 과학기술혁신본부장 간 차관급 협의도 진행해 나갈 예정이다. 이를 통해 부처 간 협력 관계가 제도적으로 더 안정적이고 예측 가능한 구조로 전환될 것으로 기대된다.

[➋ 연구개발 예산 편성 과정에서 상호 참여 확대]

다음으로, 양 부처 예산 편성 과정에 상호 참여를 확대한다. 그동안 부처 간 역할 분담이 오히려 칸막이로 작용하여 예산 편성 절차가 분절적으로 운영되어 왔다는 지적이 있었다. 이에 우선 과기부 과학기술혁신본부가 주요 연구개발 예산 배분･조정안을 마련하는 과정에 기획처가 참여할 수 있도록 개선한다. 구체적으로 국가과학기술자문회의(이하 자문회의) 산하 전문위원회가 각 부처 제출 연구개발 사업에 대한 심층 검토 및 자문을 수행하는 과정에 기획처도 참여하여, 각 사업의 내용과 전략적 필요성에 대한 이해도를 높여 나갈 계획이다.

또한, 기획처 예산 편성 과정에서도 과기부 과학기술혁신본부 의견이 반영될 수 있도록 개선한다. 기획처는 자문회의를 거쳐 제출된 주요 연구개발 배분･조정안을 조정하는 경우, 신설되는 상설 협의체 등을 통해 과기부 과학기술혁신본부와 사전에 충분히 논의하고 의견을 반영할 계획이다. 이러한 상호 참여 확대를 통해 연구개발 예산 편성의 일관성이 더욱 높아질 것으로 기대된다.

[➌ 연구개발 신규사업 관리 체계 강화]

아울러, 연구개발 신규사업 관리 체계도 개선한다. 그동안 일부 부처와 지방정부가 과기부 과학기술혁신본부 검토 단계에서 제출되지 않은 사업을 기획처 편성 단계에서 제출하는 사례가 있었다. 이에 앞으로는 기획처 편성 단계에서 과기부 과학기술혁신본부 배분·조정안 마련 과정에서 검토되지 않은 신규사업 요구는 원칙적으로 제한할 계획이다. 이러한 신규사업 요구는 국가 정책적으로 중요하거나 시급한 사안에만 예외적으로 허용되며, 이 경우에도 적정 사업 규모 등에 대해 자문회의 검토를 받도록 할 계획이다. 이를 통해 연구개발 투자의 책임성과 투명성이 더욱 강화될 것으로 기대된다.

이번에 마련된 개선 방안은 ’27년 예산안 편성 과정부터 즉시 적용되며, 양 부처는 앞으로도 확대되는 연구개발 투자가 더욱 효율적으로 이루어지도록 연구개발 예산 편성 과정에서 상호 역할을 존중하며 긴밀히 협력해 나갈 계획이다.

담당 부서	기획예산처	책임자	과장	이중진	(044-214-2770)
	과학 기술 혁신예산과	담당자	사무관	김기문	(044-214-2771)
	과학기술정보통신부	책임자	과장	박상민	(044-202-6820)
	연구 예산총괄과	담당자	사무관	박만석	(044-202-6823)