농촌진흥청 농업과학기술 연구개발사업 연구개발비 관리지침

(개정 2026. 6.)

				목 차

Ⅰ. 일반사항

1. 관련 법령 등	1

2. 연구개발비 관련 용어의 정의	1

3. 적용범위	2

Ⅱ. 연구개발비의 산정

1. 산정 기준	3

가. 직접비	3

(1) 인건비	3

(2) 학생인건비	6

(3) 연구시설·장비비	7

(4) 연구재료비	8

(5) 연구활동비	9

(6) 연구혁신비(비영리기관 한정)	13

(7) 연구수당	13

(8) 보안수당	14

(9) 위탁연구개발비	14

나. 간접비	15

2. 기업참여시 연구개발비 지원기준 및 부담기준	17

Ⅲ. 연구개발비의 관리 및 사용

1. 연구개발비 청구	18

2. 연구개발비 지급	18

3. 연구개발비의 관리 및 사용	18

4. 연구개발비의 변경	19

5. 이자수입 등의 처리	20

Ⅳ. 연구개발비 통합정보시스템 관리 및 운영

1. 시스템 운영 금융기관 협약	21

2. 통합RCMS 관리 및 운영	21

Ⅴ. 연구개발비 사용 내역 및 실적 보고

1. 연구개발비 사용실적 보고 기준	23

2. 정산 절차	23

3. 정밀 검토	25

4. 정산의 면제	25

5. 정산금의 반납	25

6. 정산금의 면제 및 감면	26

7. 정산금 등의 관리	26

8. 과오납금의 처리	26

9. 연구개발비 집행부진 및 반납지연 과제의 처리	27

10. 연구개발비 사용내역 보고	27

Ⅵ. 국제공동연구 연구개발비(해외송금사업비)의 집행 및 정산

1. 연구개발비 구성 및 지급	28

2. 연구개발비 계상 및 사용 기준	29

3. 연구개발비 정산·회수 절차	31

Ⅶ. 위탁정산

1. 업무절차(사용내역 보고 및 정산)	34

2. 정산 세부절차	34

3. 정산 수수료	35

Ⅷ. 기타사항	36

※ 별표 서식

【별표 1】 비목 및 세목별 필요 증빙 가이드라인	37

【별표 2】 불인정금액의 회수기준 및 범위	41

Ⅰ. 일반사항

「농촌진흥청 농업과학기술 연구개발사업 운영규정」에서 정하는 공동연구개발사업 중 정부지원연구개발비(출연금)으로 지원하는 연구개발과제의 연구개발비의 산정, 사용, 관리, 정산 및 연구개발비 통합정보시스템의 사용과 관련하여 필요한 세부사항을 정함을 목적으로 함

1. 관련 법령 등

□ 「국가연구개발혁신법」(이하 ‘혁신법’) 및 같은 법 시행령, 시행규칙 및 매뉴얼

□ 「국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준」(이하 ‘사용기준’, 과학기술정보통신부 고시)

□ 「농촌진흥청 농업과학기술 연구개발사업 운영규정」(이하 ‘운영규정’, 농촌진흥청 훈령) 및 운영 매뉴얼

2. 연구개발비 관련 용어의 정의

용 어	정 의
비목	▪연구개발비를 구성하는 항목. 직접비, 간접비로 구성됨
세목	▪비목을 구성하는 항목으로 직접비의 인건비, 학생인건비, 연구시설·장비비, 연구재료비, 연구활동비, 연구혁신비(비영리기관 한정), 연구수당, 보안수당, 위탁연구개발비, 국제공동연구개발비와 간접비의 인력지원비, 연구지원비, 성과활용지원비로 구성됨
연구비통합 관리시스템 (통합RCMS)	▪예산사업 및 연구개발과제별로 연구비를 실시간으로 관리할 수 있도록 인터넷으로 구축·운영되는 시스템(https://rcms.go.kr)
연구비계좌	▪연구개발기관 명의의 수시 입출금이 가능하고 원금이 보장되며 담보설정이 되지 않는 보통예금 등의 계좌
연구비카드	▪연구비를 사용하기 위한 연구개발기관 명의의 신용카드 ▪연구비통합관리시스템에 과제별 연계 등록하여 관리
정산	▪연구개발기관의 장이 보고한 연구개발비 사용실적 및 세부집행내역을 검사하기 위해 농촌진흥청장(이하 ‘청장’) 또는 위임받은 자가 실시하는 일체의 회계검사 행위
상시점검	▪연구개발비의 적정 사용을 위하여 정산 실시 전에 사용 내역을 점검하고 그 결과 사용용도나 사용기준을 위반할 소지 여부에 대하여 판단하고 확인하는 행위
회계검사부서장	▪주관, 공동 및 위탁연구개발기관의 재산상황과 업무집행을 검사 또는 검증하는 부서의 장 * 영리기관은 연구책임자 또는 공동 및 위탁연구개발기관의 책임자가 회계검사부서장이 될 수 없음
정산금	▪연구개발비 집행잔액, 정산결과 불인정금액의 합 중 정부지원연구개발비(이하 ‘출연금’) 지분에 해당하는 금액
집행잔액	▪출연금과 기관부담연구개발비(이하 ‘민간부담금’)의 현금을 집행하고 남은 금액
종합관리계좌	▪정산금 등의 효율적인 관리를 위하여 청장으로부터 위임받은 연구개발비 관리 부서장이 설치·운용하는 계좌
과오납금	▪연구개발기관의 장이 정산금을 초과하여 반납한 금액
불인정금액	▪사용용도(혁신법 시행령 별표 2)와 사용기준 및 본 지침이 정하는 기준을 준수하지 않은 경우로서 해당 연구비는 회수조치 대상임
위탁정산	▪농촌진흥청이 지정한 외부전문기관(이하 ‘위탁정산기관’)을 통해 실시하는 정산

3. 적용범위

□ 운영규정의 적용을 받는 공동연구개발사업의 연구개발비 중 출연금의 산정·사용·관리 및 정산 등과 관련된 사항

□ 본 지침에 명시되지 않은 부분에 대하여는 혁신법(령) 및 사용기준을 준용함

Ⅱ. 연구개발비의 산정

1. 산정 기준

연구개발비의 비목별 산정기준, 사용 및 정산에 관한 사항은 관련 법령 등에 따르며, 그 외에 세부사항은 다음과 같음

가. 직접비

(1) 인건비

① 세부 계상 및 사용 기준

구 분	정 의
내부인건비	▪연구수행기관에 소속되어 해당 연구개발과제에 참여하는 연구원(해당 기관 소속 4대보험 직장가입자)에게 지급하는 인건비
외부인건비	▪연구수행기관에 소속되어 있지 않으나 당해 연구개발과제에 참여하는 연구원에게 지급되는 인건비 - 연구개발에 참여하는 타 기관 소속 연구원으로서 4대보험 직장가입자 - 대학 과제에 참여하는 타 대학 소속 학생연구원 - 과제에 참여계약을 체결한 프리랜서 및 개인사업자(1인 사업자) ▪연구개발계획서의 참여연구자 명단에 따라 외부인건비 지급대상자를 명시해야 하며, 개인별 직급 및 참여 정도에 따라 인건비 규모를 결정 ▪대학 또는 정부출연기관의 과제에 참여하는 영리기관 소속 임직원에 대한 인건비 현금 계상은 원칙적으로 불가함(단, 중앙행정기관의 장이 인정하는 경우 제외)
연구근접지원인력 인건비	▪비영리기관 연구부서에 소속된 연구근접지원인력에게 지급하는 인건비

○ 소속기관의 급여기준(인사규정, 취업규칙 등)에 따른 연구개발기간 동안의 급여총액(4대보험의 본인 및 기관부담금과 퇴직급여충당금 포함)을 해당 과제 참여 정도에 따라 계상하되, 실질적인 과제 참여를 유도하기 위하여 인건비계상률 0%로의 참여는 제한함

* 4대보험 기관부담금 및 퇴직급여충당금은 인건비로 계상 가능하나, 인건비계상률 산정 시에는 포함하지 않음(계상 금액은 인건비계상률을 고려하여 산정)

○ 원칙적으로 타 기관에 정규직으로 소속되어 있는 자에게는 인건비 지급 불가함. 단, 타 기관에 소속된 참여인력에 대한 인건비 지급은 해당 연구원이 원소속기관장의 파견명령을 받은 파견기간에 한하여, 파견 근무로 인한 임금 차감분은 인정할 수 있음(원소속기관의 파견 승인 또는 원소속기관으로 인건비 지급 통보 문서, 원소속기관에서 발행한 참여 확인문서 필요)

* 위 파견 관련 예외사항은 대학 또는 정부출연기관의 과제에 참여하는 영리기관 소속 임직원에게는 적용하지 않음

○ 참여연구자의 인건비를 현금으로 지급하는 경우 연구개발기관은 ‘건강보험 자격득실 확인서(해당 연구원의 당해 협약연구기간 마지막 인건비 지급 월에 발급)’를 통해 타 기관 취업여부 확인

○ 기관 자체 인건비 기준이 있음에도 불구하고 연구개발과제 수행을 위해 별도의 인건비 기준을 정해서는 안 됨

○ 비영리기관 연구부서*의 연구근접지원인력의 인건비

* 대학: 산학협력단(산학협력단이 없는 경우 연구처 등 연구지원부서)을 제외한 연구를 직접 수행하는 단과대, 학부, 학과 및 전문연구소(센터)

* 대학을 제외한 비영리기관: 연구지원전담조직을 제외한 연구를 직접 수행하는 연구실, 전문연구소(센터) 등

※ 단, 산학협력단 등 연구지원전담조직에 소속된 직원을 상기 연구부서로 인사 명령에 의해 전출, 파견하는 경우, 연구근접지원인력 인건비는 간접비에서 계상 및 집행하는 것을 원칙으로 하고 직접비에서도 계상 및 집행은 가능하나 중복 또는 분할 계상·집행은 금지

- 연구근접지원인력에게 지급하는 인건비는 여러 개의 연구개발과제의 인건비를 묶어서 사용할 수 있음

○ 영리기관은 원칙적으로 인건비를 현금으로 계상할 수 없으나, 사용기준 제65조제4항에 해당하는 경우에는 예외적으로 참여연구자에 대한 인건비를 현금으로 계상할 수 있으며, 아래 세부기준을 따라야 함

- 제2호에 따라 전문연구사업자 신고증(한국연구산업협회 발급)을 협약기준일 또는 연차 시작일 이전까지 구비하고, 협약 체결 또는 차년도 협약변경 시 제출한 경우

* 「연구산업진흥법」 제2조제1호가목(주문연구) 및 나목(연구관리)의 산업을 영위하는 사업자에 한하며, 현금 계상기간 동안 전문연구사업자 신고증의 유효기간을 유지하여야 함

- 제3호에 따라 연구개발성과의 전부 또는 일부를 국가의 소유로 하는 경우

*  연구개발과제 공모 시 과제제안요구서(RFP)에 별도 표시

- 제6호에 따라 지식서비스 분야 개발내용을 포함한 연구개발과제를 수행하는 중소기업 소속 연구원의 경우

* 기술분야가 산업기술분류표(산업통상자원부의 「산업기술 혁신사업 공통 운영요령」 별표 1)상 대분류 기준으로 지식서비스에 해당하거나 소분류명에 ‘S/W’ 및 ‘설계’가 포함된 경우에 한함

* 연구개발과제 공모 시 과제제안요구서(RFP)에 별도 표시(해당 산업기술분류 명시)

- 이 외의 사항은 사용기준 제65조에 따름

※ 위 경우들에 해당하여 인건비를 현금으로 계상하고자 하는 영리기관의 장은 “영리기관의 현금 계상 인건비 관리 계획(운영 매뉴얼 별지 서식)”을 작성하여야 함

○ 연구원의 구분 기준(참고자료)

책임급	선임급	원급	보조원급
▪대학 이상의 과정이수 후 해당분야 15년 이상의 경력 소유자 ▪석사학위 취득 후 해당분야 12년 이상의 경력소유자 ▪박사학위 또는 기술사자격 취득 후 5년 이상의 경력소유자	▪대학 이상의 과정이수 후 해당분야 7년 이상의 경력소유자 ▪석사학위 취득 후 해당분야 5년 이상의 경력소유자 ▪박사학위 또는 기술사자격 취득자	▪대학 이상의 과정이수 후 해당분야 2년 이상의 경력소유자	▪책임급, 선임급, 원급 요건에 해당되지 않는 연구원

② 불인정금액

○ 연구지원부서(행정, 사무보조, 시설관리 등) 인력을 인건비에 계상하여 지급한 경우

* 원칙적으로 실제 연구에 직접 참여하지 않는 연구지원부서의 인건비는 간접비로 충당함(연구근접지원인력의 인건비는 제외)

○ 과제를 지원하지 않은 인력에게 연구근접지원인력 인건비를 지급한 경우

○ 현물 또는 미지급 계상 인건비를 현금으로 지급한 경우(원소속기관으로부터 인건비를 받고 있음에도 인건비를 현금으로 지급한 경우)

○ 연구개발기관 유형에 따른 연구원별 인건비 계상 한도(총인건비계상률)를 초과하여 집행한 경우

○ 인건비 지급 항목별(기본금, 복리후생비, 퇴직급여충당금 등) 과제 인건비 지급률을 미반영하거나 개인별 계획된 급여총액을 초과하여 집행한 경우

○ 참여연구자 추가 및 변경(급여총액·참여기간·인건비지급률) 내부결재 문서 없이 참여연구자별 인건비 총액을 초과하여 집행한 경우

○ 타기관 소속 연구원의 경우, 원소속기관의 승인 없이 계상하여 집행하거나, 원소속기관 인건비 지급부서로 통보 없이 개인계좌로 이체한 금액, 원소속기관의 인건비 계상 승인내용과 실집행액이 다를 경우 변경내역을 원소속기관 인건비 지급부서로 통보하지 않고 집행한 경우

○ 참여연구자 개인별 은행계좌로 입금하지 않고 개인도장(서명)을 사용하여 영수증으로 증빙하는 경우

○ 참여연구자의 인건비를 현금으로 계상한 영리기관의 경우 사전 승인 없이 인건비를 증액하거나 감액한 경우

○ 연구원의 실제 참여 여부를 확인할 수 있는 실험일지, 출근부, 고용계약서 등을 구비하지 않는 경우

○  연구원의 개인통장을 연구책임자가 통합 관리하여 연구책임자가 유용한 경우(사용기준 위반)

○  프리랜서 및 개인사업자(1인 사업자)에게 과제 참여 계약 체결 없이 인건비를 지급한 경우

(2) 학생인건비

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 연구개발과제의 참여는 정규수업에 지장을 주지 않는 범위 내에서 정함(미지급 참여는 불가)

○ 소속기관 또는 타 기관에서 국가연구개발사업 참여에 따른 인건비를 받고 있는 경우, 해당 인건비와 총인건비계상률에 따라 지급받는 학생인건비의 합계가 학생인건비 지급단가를 초과하지 않는 범위 내 계상 가능

○ 정부출연기관의 장은 소속 학생연구자별 학생인건비의 합이 사용기준 제40조제4항 각 호에 명시된 학위과정별 기준금액의 10% 이상을 계상하여야 함

② 불인정금액

○ 학생인건비 지급단가를 초과하여 집행한 경우

○ 월별 총인건비계상률 100%를 초과하여 집행한 경우

○ 연구참여확약서에 명시된 지급액과 다르게 지급한 경우

○ 학생연구원을 근거 없이 변경한 후 지급한 경우

○ 과제에 참여하지 않는 학생에게 지급한 경우

○ 학생연구원의 개인별 계좌로 이체하지 않은 경우

○  소속기관 또는 타 기관에서 인건비(급여)를 받고 있는 경우, 해당 인건비(급여)와 총 과제의 인건비계상률에 따라 지급받는 학생인건비의 합계가 학생인건비 지급단가를 초과한 경우

○ 연구원의 실제 참여 여부를 확인할 수 있는 실험일지, 출근부, 고용계약서 등을 구비하지 않는 경우

○ 학생인건비를 연구자가 회수하여 관리한 경우

(3) 연구시설·장비비

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 실제 필요한 경비를 계상

○ 취득가격이 3천만 원(부가가치세 및 부대비용 포함) 이상인 시설·장비를 구축하려는 경우 농촌진흥청 연구시설·장비심의위원회 심의 필요

○ 취득가격이 3천만 원(부가가치세 및 부대비용 포함) 이상인 장비 또는 3천만 원 미만이라도 공동활용이 가능한 장비는 취득 후 30일 이내에 연구시설·장비종합정보시스템(ZEUS)에 등록하여야 함

○ 과제 목적 달성을 위하여 필요한 경우 시험포장, 온실 등의 임차료를 연구시설·장비비로 계상 가능(별표 1에 따른 증명자료 구비)

② 불인정금액

○ 해당 과제 연구에 기여치 않은 시설·장비와 부수기자재를 구입한 경우

* 연구개발과제(단계로 구분된 경우 해당 단계)의 종료 2개월 전에 지정장소에 구입·설치 또는 임차를 완료하지 않은 연구시설·기기·장비는 해당 연구에 기여치 않은 것으로 봄

* 단, 연구시설·장비 구축을 주된 목적으로 하는 연구개발과제로서 농촌진흥청장이 인정하는 경우에는 연구개발과제의 종료일까지 구입·설치 또는 임차를 완료하여도 인정

○ 기관 공통으로 사용하는 기자재 및 시설유지보수비(감가상각비포함), 내부 기자재 임차비, 공통 연구 환경 구축비를 사용한 경우

○ 구매 관련 증빙서류가 미비한 경우

○ 연구개발과제를 수행하는 연구개발기관 간에 구입한 기기·장비는 원칙적으로 불인정(단독 판매처 등 정당한 사유인 경우는 예외, 출연연구기관의 경우 중앙창고구매 등 계정대체방식 허용)

○ 연구개발기관의 대표자 또는 연구책임자가 운영하는 기관(사업자등록증 상 대표자가 연구개발기관의 대표자 또는 연구책임자인 기관)으로부터 기자재를 매입한 경우

* 법인이 분리되어 있으나 인적·물적 구분이 명확하지 아니한 계열사 또는 기관 간 발생하는 비용 불인정

○ 연구기자재 및 연구시설 구입비를 현물로 계상 시, 사용기준 제66조를 위반한 경우

○ 사업관리부서 승인 없이 건당 3천만 원(부가가치세 포함) 이상의 연구시설·장비비를 신설하거나 원래 계획과 다른 연구시설·장비로 변경(규격이나 품목, 수량 변경 포함)하여 구입하거나 임차한 경우, 또는 승인을 받고 구입 또는 임차하기로 했던 연구시설·장비를 구매 또는 임차하지 않은 경우

○ 구입처로부터 납품기일 지연 등의 사유로 받은 지체상금 등을 연구비 집행금액에서 제외하지 않은 경우

(4) 연구재료비

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 실제 필요한 경비를 계상

○ 시험제품·시험설비 제작을 목표로 하는 과제의 경우 필요한 내역은 인건비와 연구재료비 등에 반영하여 계상

○ 과제 목적 달성을 위하여 필요한 경우 농가의 농산물 구입 비용을 연구재료비로 계상 가능(별표 1에 따른 증명자료 구비)

② 불인정금액

○ 해당 과제의 연구에 기여치 않은 시약·재료를 구입한 경우

○ 구매 관련 증빙서류가 미비한 경우

○ 3만 원 초과 연구재료 구입비를 간이영수증으로 처리한 경우

○ 연구개발과제를 수행하는 연구개발기관 간 재료를 구입할 경우(단독 판매처 등 정당한 사유인 경우는 예외, 출연연구기관의 경우 시험분석료, 중앙창고구매 등 계정대체방식 허용)

* 연구개발비에 기관부담연구개발비가 있는 경우 필요한 재료는 현물로 부담

○ 연구개발기관의 대표자 또는 연구책임자가 운영하는 기관(사업자등록증 상 대표자가 연구개발기관의 대표자 또는 연구책임자인 기관)으로부터 재료를 매입한 경우

* 법인이 분리되어 있으나 인적·물적 구분이 명확하지 아니한 계열사 또는 기관 간 발생하는 비용 불인정

○ 구입처로부터 납품기일 지연 등의 사유로 받은 지체상금 등을 연구비 집행금액에서 제외하지 않은 경우

○ 기관운영비 성격의 비용과 구분되지 않는 전산처리 및 관리비를 집행한 경우

* 해당 연구개발과제와 직접적인 관련성이 입증되지 않는 경우 집행금액 불인정

(5) 연구활동비

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 위탁정산 수수료는 주관연구개발기관에 계상하나, 주관연구개발기관이 농촌진흥청(또는 소속기관)인 경우에는 공동연구개발기관에서 연구비 비율로 계상함

* 본 지침의 VII. 위탁정산 참고

○ 전문가 활용비는 관련 분야 전문가의 자문, 회의참석 등을 위한 수당, 여비 등 관련 경비로서, 비영리기관은 참여연구자 및 그 참여연구자가 소속된 최소단위 부서* 소속직원을 제외하고, 영리기관은 참여연구자 및 그 참여연구자가 소속된 기관의 직원을 제외함

* 최소단위 부서: 대학 및 「특정연구기관육성법 시행령」 제3조제1호부터 제3의2호까지에 해당하는 연구기관의 경우 연구실을 말하며, 특정연구기관 중 제3조제1호부터 제3의2호 이외의 연구기관, 정부출연기관, 국공립연구기관은 직제규정상 최소단위부서를 의미

○ 세미나 개최비는 외부기관이 참석한 경우 집행 가능함

○ 답례품 구입비는 수행기관 외 일반인을 대상으로 하는 대규모 행사가 목적인 사업 및 설문조사 시 집행 가능하나, 수량·단가 등은 연구개발기관 사전 내부결재로 정하고, 단가 3만 원을 초과할 수 없음(온라인 설문에 한하여 1만 원 이하의 상품권 발급 또는 계좌이체 인정)

○ 해당 연구에 직접적, 독점적으로 사용할 수 있는 사무용 기기(컴퓨터, 프린터, 복사기 등 사무용기기 및 주변기기 포함) 및 사무용 소프트웨어(컴퓨터 구동 프로그램, 사무처리용 소프트웨어, 바이러스 백신 등)에 소용되는 비용, 연구실 냉난방 및 청결한 환경 유지비용

* 영리기관의 경우, 연구개발과제의 협약 체결 당시 “영리기관의 연구실운영비 활용·관리 계획(사용기준 별지 제4호 서식)”을 작성하여 연구개발계획서에 첨부한 경우에만 계상 가능

* 협약 체결 이후 연구실운영비 활용·관리계획의 신설 등 관련 계획을 변경하여 사용하고자 하는 경우에는 사전 승인을 받아야 함

○ 국내 출장여비는 출장명령부, 출장복명서 등 출장관련 증빙서류를 구비해야 함

* 숙박비, 교통비, 식비 등 어느 하나 이상의 영수증(카드매출전표 등)을 구비해야 함. 다만, 같은 시·군·섬(제주도 제외) 안에서의 출장이나, 왕복여행거리가 12km 미만인 출장 시 정액으로 지급할 경우는 제외

* 공무원이 아닌 경우 연구개발기관의 자체 여비규정과 「공무원 여비 규정」 중 큰 금액에 따라 선택하여 계상할 수 있으나, 세부항목(숙박비, 교통비, 식비 등)별로 자체규정과 공무원 여비 규정을 혼용하여 적용할 수 없음

○ 사무용품비(소모품)는 일반적으로 1년 이내에 소모되거나 다시 사용할 수 없는 물품 또는 취득단가가 소액인 사무용 물품임

○  회의비는 해당 연구개발과제의 참여연구자 외 인원이 참석한 경우 집행 가능하며 내부결재문서 또는 회의록(목적·일시·장소·내용·참석자 성명 등 명기) 등 회의 개최 관련 증빙서류를 구비하여야 함

* 10만 원(부가가치세 포함) 이하의 회의비 사용 시에는 회의의 목적, 일시, 장소, 내용, 참석자 명단이 기재된 증명자료로 내부결재문서 또는 회의록 대체 가능

* 비영리기관에서 연구혁신비로 회의비를 사용하는 경우에는 참여연구자 외 인원의 참석 요건을 적용하지 아니할 수 있음

○ 회의비는 집행의 적정성을 판단하기 위하여 회의 장소, 회의비 집행장소(원거리 등), 집행시간(회의 전, 23시 이후, 휴일)을 확인하여야 하며, 집행의 불가피성이 있는 경우에는 사전에 불가피성을 입증할 객관적인 사유를 첨부한 내부결재 필요

○ 회의비는 회의에 사용되는 부대경비에 한하며 직접적인 관계자에 대한 식대 집행(회의 중 또는 회의 후) 시 1인당 5만 원(부가가치세 포함)을 초과할 수 없음

※ 지침 개정 전 공문(’26.3.23)으로 우선 시행한 사항으로, ’26.4.1.부터 식대 한도를 3만 원에서 5만 원으로 상향함

○ 식대는 참여연구자 특근식대로 집행

* 특근식대 지급 대상자: 정규 근무시간 개시 2시간 전에 출근하여 근무하거나 근무종료 후 2시간 이상 근무하는 자 또는 휴일에 2시간 이상 근무하는 자

* 시간외 근무수당을 지급받고 있는 자 중에서 교대근무자, 야간근무수당 지급 대상자, 휴일근무수당 지급 대상자, 공무원 여비규정에 따라 식비를 지급받은 자는 제외

* 참여연구자의 초과근무(시간외 근무, 특별근무, 야근, 휴일 근무 등)를 확인할 수 있는 자료(초과근무자, 일시, 내역, 감독자 확인 포함) 필수 증빙

○ 일시적인 수요에 의해 연구에 참여하는 일용직 활용비의 지급은 “단순일용직 표준근로계약서(자유서식)”에 따라 지급하며, 연구개발계획서에 등록되지 않은 인원도 지급 가능

* 동일인이 계약할 수 있는 기간은 연간 실근무 일수 30일까지 인정(고용노동부 기준 일용직 근로자는 1개월 미만 고용되는 사람을 의미)

② 불인정금액

○ 전문가 활용비 집행 시 계좌이체 또는 지급이 인정되는 증빙서류 등 근거가 없는 경우

○ 영리기관에서 해당 기관 소속 직원에게 지급한 전문가 활용비, 비영리기관에서 참여연구자 및 그 참여연구자가 소속된 최소단위 부서 소속직원에게 지급한 전문가 활용비(수행기관 상호간 지급 포함)

○ 외부기관 참석 없이 단일기관(주최기관) 내부 직원(내부 참여연구자 포함) 간 세미나 개최비를 집행한 경우

○ 신문구독료, 명함(첩) 제작비, 세차비, 차량정비 및 보험료, 피복비, 주유비, 범칙금, 과태료 등 개인 또는 기관운영비 성격의 경비를 집행한 경우(다만, 과제수행과 직접 관련이 있는 시험용 차량 정비 및 보험료, 주유비는 인정)

○ 학회활동과 관련된 비용 중 개인·기관 용도성 경비 또는 부실 학술지 및 학술대회 경비를 지출한 경우

- 종신학술지, 학술지 정기구독료, 당해 과제와 관련이 없거나 최종단계 연구종료일 이후 개최되는 학회의 연간 회비·참가비, 미참여 학회비 등

- 학회활동 관련 비용에 대한 집행증빙이 없을 경우(3만 원 초과 현금 사용)

- 부실 학술지 논문 투고 및 학술대회에 지출한 비용(등록비, 출장비 등)

○ 참여연구자에게 자문료, 회의수당, 원고료, 번역료 등을 지급한 경우

○ 선물(기념품) 구입비(수행기관 외 일반인을 대상으로 하는 대규모 행사가 목적인 사업 및 설문조사 답례품은 예외)

○ 연구개발기관 내부 또는 수행기관 간 상호 의뢰하여 연구개발 서비스 활용비를 사용한 경우(단, 비영리기관에서 집행한 시험·분석·검사 비용에 대해 분석기관에서 인정하는 시험분석결과서*를 발행하고 그 비용을 해당 분석기관이 흡수하는 경우는 인정)

* ‘분석기관에서 인정하는 시험분석결과서’라 함은 공식적으로 기관장 명의 또는 시험분석 부서장 명의(예, OOO연구원장, OOO신뢰성센터장)로 시험·분석·검사 결과서를 발행하는 경우를 말함

* 법인이 분리되어 있으나 인적·물적 구분이 명확하지 아니한 계열사 등 간 발생하는 비용

○ 기관운영비 성격의 비용과 구분되지 않는 전기료, 수도료, 가스료, 이동전화요금 등

○ 홍보비, 비상약품비, 폐기물처리비, 안전관리비 등 간접비성 경비를 연구활동비로 집행한 경우

○ 지식재산권 출원·등록비를 집행한 경우

○ 「근로자직업능력개발법」·「고용보험법」에 의거한 고용보험환급과정 교육훈련비 중 고용보험으로부터 환급하지 아니한 경우(환급 가능하지만 수행기관 사정으로 환급 신청하지 못한 금액 포함)

○ 기관운영판공비, 찬조금, 화환구입비 등을 집행한 경우

○ 연구개발과제와 직접적으로 관련이 없는 사전·도감류 구입비, 정보통신이용료를 집행한 경우

○ 해당 과제와 무관한 직원 능력개발(어학, 자격증 등)을 위한 교육훈련비를 집행한 경우

○ 해당 과제에 직접적, 독점적으로 기여치 않은 사무용기기, 주변기기 및 소프트웨어 관련 비용을 집행한 경우

○ 국내 및 국외여비 집행 시 수행기관의 여비기준 외에 국가연구개발사업 수행을 위한 별도의 여비기준을 이중으로 정하여 과다 지급한 금액

○ 연구환경 유지비로 기관 공통 사무용 기기·비품을 구입한 비용

○ 내부결재문서 또는 회의록 없이 회의비를 집행한 경우(10만 원 이하의 회의비는 회의의 목적 등이 기재된 증명자료 첨부 시 내부결재문서 또는 회의록 제외 가능)

○ 외부기관 참석 없이 단일기관 내부 직원(내부 참여연구자 포함) 간 회의비를 집행한 경우

○ 특근식대로 평일 점심 식대를 집행한 경우

○ 회의비와 출장비에서 식대가 이중 지급된 경우

○ 주류 등 유흥성 경비가 포함되어 있는 회의비, 식대를 집행한 경우

* 회의 1건에 대한 식사 후 커피전문점, 아이스크림 등 후식 집행 불인정

○ 영리기관의 연구실운영비를 사전 승인 없이 “영리기관의 연구실운영비 활용·관리 계획”과 다르게 사용한 금액

(6) 연구혁신비(비영리기관 한정)

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 연구개발기관의 효율적인 연구개발과제 수행을 위하여 필요한 비용으로서 연구재료비 또는 연구활동비(외부 전문기술 활용비 제외)에 해당하는 금액의 합의 10% 범위 내로 계상

② 불인정금액

○ 연차별 평균 5천만 원을 초과하여 집행한 경우

○ 건별 300만 원을 초과하여 연구재료비 사용용도로 집행한 경우

○ 건별 50만 원을 초과하여 연구활동비 사용용도로 집행한 경우

○ 인건비에 해당하거나 인건비의 성격을 가지는 비용으로 집행한 경우

○ 국외에서 사용한 비용

(7) 연구수당

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 연구개발사업에 대한 기획·관리·평가 및 활용 등의 업무를 대행하는 과제의 경우 연구수당을 지급할 수 없음

② 불인정금액

○ 참여연구자의 계좌이체 및 지급이 인정되는 증빙서류가 없는 경우

○ 비참여연구자에게 지급한 경우

○ 연구개발계획서상의 금액을 초과하여 사용한 경우(인건비를 연구개발계획서상의 금액보다 증액한 경우에도 연구수당을 연구개발계획서상의 금액보다 증액할 수 없음)

○ 기여도 평가 등 합리적인 기준 없이 지급한 경우

○  실집행된 수정인건비의 20%를 초과하여 지급하거나 지급비율이 직접비 사용비율을 20% 포인트 이상 초과한 경우

○  참여연구자의 참여시작일 기준 1개월 이내에 평가하여 지급하거나 매월 정액으로 지급한 경우

○  연구수당을 임금과 통합하여 지급한 경우

○ 연구책임자 또는 참여연구자가 단독으로 지급받은 경우 또는 한 명에게 총액의 70%를 초과하여 지급한 경우(연구원이 연구책임자 1인인 경우 제외)

○ 연구수당을 연구자가 회수하여 공동 관리한 경우

○ 인센티브를 선물비로 집행한 경우(사용기준 위반)

(8) 보안수당

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 시행령 제45조에 따른 보안과제에만 계상

○ 보안과제를 수행하는 참여연구자 및 연구근접지원인력을 대상으로 해당 과제의 수정인건비 중 각 개인별 인건비의 3% 범위 내로 계상

○ 기관 자체 규정 마련 필요

(9) 위탁연구개발비

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 위탁연구개발기관은 직접비 중 연구기기·장비 및 시설비, 시제품·시작품 제작비, 간접비 내 성과활용지원비 중 지식재산권 출원·등록비, 과학문화활동비는 계상할 수 없음

○ 위탁연구개발기관의 부가가치세 매출세액은 해당 위탁연구개발과제의 연구활동비(그 밖의 비용 중 각종 세금)에 계상

○ 주관연구개발기관이 환급받을 수 있는 부가가치세 매입세액은 연구개발비로 계상 불가(해당 금액은 위탁연구개발비 총액에서 제외)

* 주관연구개발기관은 위탁연구개발비의 부가가치세 매입세액을 자체 재원으로 처리

나. 간접비

① 세부 계상 및 사용 기준

○ 기관 유형별 간접비 계상 기준은 다음과 같음

- 간접비 비율은 사용기준 제114조에 따른 기관 유형별 간접비 고시비율을 적용하는 것을 원칙으로 하되, 비영리기관(농업기술원 및 농업기술센터 제외)이 이보다 낮은 간접비 비율을 적용하고자 할 경우에는 협약 체결 시 내부결재문서를 첨부하여야 함

- 농업기술원 및 농업기술센터의 경우, 수정직접비의 17% 범위 내에서 과제 수행에 실제 필요한 금액을 간접비로 계상할 수 있으며, 협약 체결 시 간접비 사용용도를 명시한 사용계획을 첨부하여야 함

* 수정직접비: 직접비 중 ‘현물 부담액’과 ‘위탁연구개발비’를 제외한 금액

- 영리기관의 경우, 수정직접비의 10% 범위 내에서 과제 수행에 실제 필요한 금액을 간접비로 계상할 수 있으며, 협약 체결 시 간접비 사용용도를 명시한 사용계획을 첨부하여야 함

기관 유형	간접비 고시비율
▪간접비 고시비율을 산출한 비영리기관	사용기준 별표 6에 따름
▪간접비 고시비율을 산출하지 아니한 대학	5%
▪간접비 고시비율을 산출하지 아니한 대학 외 비영리기관 (농업기술원·농업기술센터 포함)	17%
▪영리기관(공기업 포함)	10%

○ 간접비 비율은 연구개발과제(단계로 구분된 경우 해당 단계) 시작 시점의 고시비율을 적용함

○ 간접비를 증액하고자 할 경우 고시비율 내 증액 가능(사전승인 사항)

○ 간접비 항목에는 인력지원비, 연구지원비, 성과활용지원비가 있으며, 아래에 기술한 대표적인 사용용도 외 기관 유형별 사용용도는 혁신법 시행령 별표 2에 따름

a. 인력지원비

○ 연구지원인력 인건비

- 연구개발에 필요한 장비운영 전문인력 등 지원인력, 연구비 정산 등을 직접 지원하기 위한 인력의 인건비

○ 연구개발능률성과급

- 연구개발기관은 자체적으로 성과평가를 실시하고, 그 결과에 따라 연구개발능률성과급을 지급하여야 함

b. 연구지원비

○ 연구실 안전관리비

- 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」(이하 ‘연구실안전법’) 제2조제1호 가목부터 라목까지에 해당하는 기관 및 사목에 해당하는 농업기술원 등 직제에 연구활동 기능이 있고 연구활동을 위한 연구실을 운영하는 기관은 인건비 총액의 1% 이상의 금액을 계상(최대 3% 이내 권고)

* 안전관리비는 개별 연구개발과제 단위로 계상하는 것이 원칙이나, 연구실안전법 제3조에 의거 해당 법이 연구실 및 연구활동이 수행되는 공간 단위로 적용되므로 동일 연구자가 동일 연구 공간을 활용하여 복수의 연구개발과제를 수행하는 경우 총 안전관리비가 과다 계상되지 않도록 주의

* 비영리기관은 간접비의 효율적 관리를 위하여 별도 계정으로 이체 또는 계정대체할 수 있으며, 연구실안전법 제2조제1호사목에 해당하는 농업기술원 등 계정대체가 불가한 기관은 별도 계정을 설정하여 간접비를 관리할 수 있음

- 연구실안전법 시행령 제17조 및 연구실 안전 및 유지관리비의 사용내역서 작성에 관한 세부기준에서 정하는 바에 따라 지정된 용도에 맞게 사용

c. 성과활용지원비

○ 지식재산권 출원·등록비

- 지식재산권의 출원·등록·유지에 필요한 비용으로 연구개발과제의 연구개발성과가 창출된 이후 발생하는 비용

* 연구개발계획서상 달성하고자 하는 연구개발성과 중 ‘특허출원’ 등 지식재산권 관련 성과가 포함된 경우, 협약 체결 시 또는 과제 수행 중에도 간접비 계상 가능

② 불인정금액

○ 사전 승인없이 연구개발계획서상의 금액보다 증액하여 집행한 경우

○ 연구성과가 우수한지 여부와 관계없이 연구기간 중에 각 연구개발과제에 계상된 간접비의 일정 비율을 배당하는 방식으로 연구개발능률성과급을 지급한 경우

○ 과다 계상된 인건비에 연동되는 간접비를 사용한 경우

○ 계상기준을 초과하여 집행한 경우

○ 수행과제와 직접 관련성이 없는 지식재산권 출원·등록·유지비용을 집행한 경우

○ 최초 등록기간 2년 이후에 특허 유지비용을 집행한 경우

○ 연구개발능률성과급을 해당 연도 간접비 총액의 10%를 초과하여 집행한 경우

○ 영리기관이 간접비를 일괄 흡수 지출한 경우

○ 연구실 안전·유지관리비 계획 및 사용내역서*가 없는 경우

* 「연구실 안전 및 유지관리비의 사용내역서 작성에 관한 세부기준」의 별지 서식

○ 산학협력단이 연구개발과제 수행에 대한 반대급부 없이 대학에 지급하는 비용을 집행한 경우

○ 연구개발과제 수행 중 발생한 배상금·위약금이나 혁신법 제32조제1항에 따른 제재부가금 또는 같은 조 제3항에 따른 연구개발비 환수 비용을 집행한 경우

○ 그 밖에 연구개발과제 수행과의 관련성, 적정성 등을 고려하여 과학기술정보통신부장관이 정하여 고시하는 비용을 집행한 경우

2. 기업참여시 연구개발비 지원기준 및 부담기준

□ 연구개발비는 “정부지원연구개발비의 지원기준 및 기관부담연구개발비의 부담기준(혁신법 시행령 별표 1)”에 따라 지원함

* 혁신법 시행령 제19조제2항의 각 호에 해당하는 경우에는 기관부담연구개발비를 부담하지 아니할 수 있으며, 이 경우 과제제안요구서(RFP)의 기타지원조건에 명시된 경우에 한함

□ 당해연도 연구개발과제의 수행 중 연구개발기관의 유형(규모)이 변경된 경우에도 연구개발비의 부담비율은 협약 체결 당시 정한 비율을 적용함

□ 연구개발기관은 민간부담금 현금을 통합RCMS 가상계좌로 입금한 후 사용하여야 함

Ⅲ. 연구개발비의 관리 및 사용

1. 연구개발비 청구

가. 청구절차

○ 연구개발기관의 장은 농촌진흥청 사업관리부서에 연구개발기관 명의의 연구비계좌로 정부지원연구개발비 지급을 청구함. 위탁연구개발과제가 있는 경우, 위탁연구개발과제의 연구개발비 지급청구서는 해당 주관연구개발기관에서 청구함

2. 연구개발비 지급

가. 농촌진흥청 → 연구개발기관

○ 협약에 따라 주관/공동/위탁 연구개발기관으로 연구개발비를 지급

- 정부의 재정사항 변동 및 협약 변경 또는 해약의 경우 변경될 수 있음

- 통합RCMS 적용 과제의 경우 통합RCMS 가상계좌로 지급

3. 연구개발비의 관리 및 사용

가. 연구개발비 사용기록 관리

○ 연구개발기관(주관, 공동, 위탁)의 장은 연구개발비를 사용할 때에는 비목별로 구분하여 출납상황 및 집행내역을 원장에 비치하여 기록·관리하여야 함

○ 연구비통합관리시스템의 사용내역서 기록을 월 단위로 출력하여 대체할 수 있음

나. 연구개발비의 사용

○ 연구개발기관(주관, 공동, 위탁)의 장은 연구비를 사용함에 있어 해당 연구개발과제의 필요경비 발생 시 연구개발기관 자체자금이 아닌 농촌진흥청에서 지급한 연구비를 연구비카드 또는 계좌이체 형태로 사용함

* 다만, 농촌진흥청 국고자금 사정으로 인한 연구비 지급 지연 등 부득이한 경우 연구개발기관의 자체자금을 활용할 수 있으며, 이 경우 사업담당부서와 사전협의 후 통합RCMS 자계좌이체 방식으로 처리함

* 자계좌이체 절차: 사전협의 후 승인요청 공문 발송(연구개발기관) → RCMS 자계좌이체 승인요청(연구개발기관) → RCMS 자계좌이체 승인(사업담당부서)

○ 연구비카드 사용 및 계좌이체가 불가능한 경우에는 연구개발과제별로 직접비 대비 2% 범위 내에서 1회 3만 원 이내의 범위에서 대체 지급할 수 있음

- 이 경우 대체 지급 증빙자료(대체지급 사유서, 영수증, 판매자(또는 공급자)의 신분증 등)를 구비하여 등록하여야 함

- 국외전문가 활용비의 경우 금액 제한 부분은 예외로 할 수 있음

다. 연구개발비의 회계처리

○ 관세, 부가가치세 등 사후환급이나 공제 받을 수 있는 금액은 당해 연구개발비 지출 내역에서 제외하고 통합RCMS 집행등록 시 구분하여 입력해야 함

라. 연구개발비 집행관련 증빙서류 보존

○ 연구개발기관의 장은 당해연도 연구개발비 집행관련 증빙 서류를 기관의 규정에 따라 관리하되, 과제별 비목순, 날짜순으로 분류하여 당해 과제 종료 후 5년간 보존하여야 함

* 통합RCMS에 등록 시 보관의무를 이행한 것으로 간주함

마. 연구개발비 이월금 편성

○ 당해연도 연구개발비는 해당 연도 내 집행을 원칙으로 하며, 연구개발비의 집행률 제고를 위하여 노력하여야 함

○ 다만, 증빙 가능한 불가피한 사유(국외물품의 배달 지연, 자연재해 등)로 해당 연차에 사용하지 못한 연구개발비가 있을 경우 단계 내 이월 가능하며, 단계간 이월금을 편성하고자 하는 경우 별도로 공지한 기간 내 사전 승인을 받아야 함

* 단계내 이월금: 단계 내 연차-연차간 이월되는 연구비, 사전승인 미대상

* 단계간 이월금: 단계-단계간 이월하고자 하는 연구비, 사전승인 대상

○ 단계내 이월금은 통합RCMS 계속비 편성등록 메뉴에서 신청·편성하여야 함

○ 단계간 이월금은 해당 단계의 연구개발비 중 직접비(현물 및 연구수당 제외)만 다음 단계의 연구개발비에 포함하여 사용 가능함

4. 연구개발비의 변경

가. 연구개발비 변경 사항

○ 운영 매뉴얼의 과제협약 변경 절차에 따름(Ⅵ. 연구개발과제의 운영/2. 운영 세부절차/마. 과제 협약 변경)

5. 이자수입 등의 처리

가. 출연금 이자

○  통합RCMS 가상계좌에 발생하는 출연금 이자는 분기별로 국고에 납입됨

Ⅳ. 연구개발비 통합정보시스템 관리 및 운영

1. 시스템 운영 금융기관 협약

가. 농촌진흥청은 통합RCMS 운영을 위한 전담 금융기관을 선정함

나. 농촌진흥청은 통합RCMS 운영을 위해 참여 금융기관과 업무협약을 체결함

* 업무협약은 통합RCMS와 전담은행 연계시스템 구축·운영 및 비용, 비밀 및 보안유지, 손해배상 등의 내용을 포함함

2. 통합RCMS 관리 및 운영

가. 사용 환경 설정

○ 연구개발기관은 연구개발기관 명의의 수시 입출금이 가능하고 원금이 보장되며 담보설정이 되지 않는 보통예금 등의 계좌를 연구비계좌로 사용하여야 함

○ 연구개발기관은 IRIS 과제 등록시 연구비계좌를 등록하여야 함

○ 연구개발기관은 통합RCMS의 펌뱅킹 이용 동의 메뉴에서 펌뱅킹 서비스 이용에 동의하여야 시스템을 통한 연구비 집행이 가능함

○ 연구비카드는 사용 전에 통합RCMS에서 해당 과제에 사용할 연구비카드를 등록한 이후에 사용하여야 함

나. 연구비 집행

○ 연구개발기관은 연구비카드나 계좌이체로 연구비를 집행

○ 연구개발기관은 연구비 사용 후 통합RCMS에 비목, 세목, 사용용도, 거래처정보, 거래처계좌 및 관련 증빙자료 등을 등록하고 연구비 이체를 요청하면 통합RCMS를 통해 연구비계좌를 경유하여 거래처 계좌로 연구비가 이체됨

○ 연구개발기관은 연구비 집행시 “비목 및 세목별 필요 증빙 가이드라인(별표  1)”을 참고하여 필요한 증빙자료를 등록하여야 함

○ 연구개발기관은 연구비 집행 후 지출 증빙자료는 특별한 사유가 없는 한 즉시 통합RCMS에 등록하고 기타 보완이 필요한 사항은 1개월 이내에 보완 등록하여야 함

- 연구개발기관은 연구비카드로 연구비를 집행한 경우에는 통합RCMS에 접속하여 비목, 세목, 사용용도 및 관련 증빙자료 등을 카드사의 카드 이용 금액 출금일 전일까지는 등록하여야 함(연체금이 발생되지 않도록 주의)

○ 연구개발기관의 연구개발비 관리자는 연구관리 및 예산집행 현황을 확인 가능하도록 통합RCMS를 운영하여야 함

다. 연구비 정산

○ 다년차 과제의 연구비 정산은 최종연도(단계로 구분된 경우 단계의 마지막 연도)에 일괄하여 실시함

○ 연구개발기관은 연구비 정산시 통합RCMS의 온라인 정산 기능을 이용하여 사용실적보고서를 제출해야 함

○ 연구개발기관은 연구비 정산 결과 발생한 정산금(민간추가납부액)은 통합RCMS를 통하여 해당 금액을 확인하고 통보된 정산금 관리 계좌로 계좌이체 등의 방법으로 납부해야 함(통합RCMS가 아닌 타 금융서비스 이용)

○ 연구개발기관이 정산금, 환수금 납부 등을 정당한 사유 없이 거부하는 경우 연구개발과제의 통합RCMS 가상계좌에 대해 사용을 정지함

라. 연구비 사용내역 보고

○ 연구개발기관은 연도별 연구개발과제의 연구개발비 사용내역을 통합RCMS의 사용내역 보고 기능을 이용하여 보고하여야 함(단계종료연도 및 최종연도 제외)

마. 위탁정산 회계법인 지정

○ 농촌진흥청은 위탁정산기관을 지정하여 연구개발비의 정산을 실시할 수 있고, 정산 실시 전 연구개발비 사용 내역에 대한 점검·확인을 할 수 있음

Ⅴ. 연구개발비 사용 내역 및 실적 보고

1. 연구개발비 사용실적 보고 기준

가. 보고 대상

○ 연구비 정산은 총 연구개발비(정부지원연구개발비(출연금) + 기관부담연구개발비(민간부담금))를 대상으로 함

○ 협약이 해약된 연구개발과제에 대해서는 총 연구기간 내 연구개발비 전액을 대상으로 함

나. 보고 기한

○ 연구개발기관의 장은 운영규정 제37조에 따라 협약연구기간 종료일로부터 3개월 이내에 연구비 사용실적을 농촌진흥청장에게 제출함을 원칙으로 함

다. 보고 시 제출 서류

연구개발비 사용실적보고서(혁신법 시행규칙 별지 제7호 서식)

○ 연구개발비 사용명세서(주관/공동/위탁 연구개발기관용, 비목별 사용명세서 포함)

○ 국가연구개발사업 현물부담 확인서(사용기준 별지 제6호 서식)

○ 연구개발기관의 자체 회계감사 의견서(사용기준 별지 제5호 서식)

기타 증빙을 요청받은 서류

* 주관연구개발기관의 장은 위탁연구개발기관의 장이 제출한 서류를 포함하여 제출

2. 정산 절차

가. 정산

○ 농촌진흥청은 연구개발기관(주관, 공동, 위탁)의 장이 제출한 “연구개발비 사용실적보고서”를 검토·확인한 후 정산금을 확정함

○ 확정된 연구개발비 정산결과는 통합RCMS를 통하여 연구개발기관에 통보됨(단, 추가로 반납할 정산금이 있는 경우 문서 병행)

○ 연구개발기관의 장은 연구개발비 사용실적 검토에 따른 정산금에 이의가 있는 경우 통보받은 날로부터 30일 이내에 “국가연구개발사업 정산 이의신청서(사용기준 별지 제7호 서식)”를 제출하여 재검토를 요청할 수 있음

○ 농촌진흥청은 연구개발기관의 장으로부터 재검토 요청이 있을 경우 정산금을 재검토하여 회수 등의 조치를 재확정 통보함

○ 연구개발기관의 장은 이의가 없을 경우, 통보일로부터 30일 이내에 추가로 납부할 정산금을 반납 후 “종합관리계좌 입금내역서”를 작성, 제출하여야 함

종합관리계좌 입금내역서

(연구개발기관: 주관/공동        )                                       (단위: 원)

사업명	연구개발과제 (연구책임자/책임자)	입금현황			비고 (입금일자 등)
		집행잔액	정산금 (추가납부액)	계

※ 붙임: 입금영수증 사본 1부

≪작성요령≫

1. 연구개발과제(연구책임자/책임자): 과제 및 책임자명(주관 연구책임자, 공동 책임자 명)

2. 입금현황

가. 정산금(민간추가납부액)  :  연구개발비 사용실적 보고에 대한 농촌진흥청 정산에 의해 회수를 통보받은 후 입금한 금액

나. 집행잔액 : 집행잔액을 종합관리계좌로 직접 반납하는 경우(국제공동 등) 작성

나. 정산 이의신청

○ 농촌진흥청은 연구개발비 사용실적 및 이의신청에 대한 검토·확인을 위하여 필요한 경우 관계공무원으로 하여금 현장조사나 연구개발기관의 장에게 별도의 계정원장 및 증빙서류 등을 요청할 수 있음

○ 정산금을 재검토하는 경우 전문 회계법인, 이의신청 당사자, 연구관리과 정산담당 및 해당 연구개발과제의 간사 등이 참석하여 실시하고, 필요한 경우 서면으로 검토할 수 있음

다. 기타 사항

○ 연구개발기관의 장은 연구비 정산과 관련된 서류제출 및 현장조사 등에 적극 협조하여야 함

3. 정밀 검토

가. 정밀정산 검토 대상

○ 연구개발비의 10% 이상을 잘못 집행하여 회수된 사례가 있는 경우

○ 연구개발비 사용실적보고서를 정당한 사유 없이 기한 내에 제출하지 않은 경우

○ 결과평가 등급이 미흡 이하로 평가된 경우

○ 기타 청장이 필요하다고 인정하는 경우

나. 기타 사항

○ 농촌진흥청은 정밀 검토 대상에 해당하는 경우 증빙서류를 추가로 제출받아 검토하거나 현지조사를 실시할 수 있음

○ 정당한 사유가 인정되는 경우에는 정밀 검토를 하지 아니할 수 있음

4. 정산의 면제

가. 정산 면제 기관의 연구개발비 정산금의 반납

○ 연구비 정산이 면제된 기관은 연구개발비 사용내역을 통합RCMS에 입력하고 연구개발비 집행에 따른 증빙서류를 구비하여야 함

○ 기관 자체정산 후 연구개발비 총액 대비 집행액 총액을 청장에게 보고함

나. 기타 사항

○ 연구관리 우수기관이라 할지라도 정밀검토 대상 기관은 검토에 필요한 서류를 제출해야 하며, 현지조사를 실시할 수 있음

5. 정산금의 반납

가. 정산금의 회수기준 및 범위

○ “불인정금액의 회수기준 및 범위”는 별표 2에 따름

나. 반납 시기

○ 정산금을 통보 받은 날로부터 30일 이내

* 기한 내에 반납하지 않고 지연하는 경우 통합RCMS 연구비 집행정지, 채권추심 등 정산금의 회수를 위한 법적 조치를 취할 수 있음

다. 반납처

○ 정산금 통보(공문) 시 안내된 계좌번호 및 방법에 따라 반납

6. 정산금의 면제 및 감면

가. 연구개발기관의 부도, 법정관리, 폐업 또는 이에 준하는 상황이 발생하여 정상적인 연구개발비 사용실적 검토 및 정산금의 회수가 불가능하다고 판단되는 경우 정산금을 면제 또는 감면할 수 있음

나. 이 경우 연구개발기관에 대한 신용조사 등 정산금 회수를 위하여 필요한 조치를 취하여야 함

7. 정산금 등의 관리

가. 연구개발비 종합관리계좌 개설

○ 농촌진흥청은 연구개발비 종합관리계좌를 개설함

나. 연구개발비 종합관리계좌 운영

○ 종합관리계좌를 다른 용도의 자금과 분리하여 관리·운영함

○ 수입결의서에 의하여 관리장부를 기록·유지해야 함

○ 지출의뢰에 의하지 아니하고 종합관리계좌에서 인출할 수 없음

- 과오납금은 연구개발비 관리부서장의 요청에 의하여 인출·지급

○ 연구개발비 정산금을 영수증 사본을 첨부하여 청장에게 보고함

8. 과오납금의 처리

가. 과오납금

○ 연구개발기관의 장이 정산금을 초과하여 반납한 금액

나. 과오납금의 처리

○ 연구개발기관의 장은 과오납금이 발생한 경우 반납일로부터 20일 이내에 공문과 해당 증빙자료를 첨부하여 반환을 요청할 수 있음

○ 농촌진흥청은 기한 내에 반환요청이 없는 과오납금은 국고에 납입함

9. 연구개발비 집행부진 및 반납지연 과제의 처리

가. 대상 과제

○ (집행부진) 농촌진흥청은 연차 연구개발비 집행률 80% 미만의 연구개발기관을 대상으로 집행부진 사유서 제출을 요청할 수 있으며, 집행부진 사유서를 제출하지 않거나 사유가 정당하지 않을 시 연구개발과제 계속 수행 가능 여부를 검토하여 특별평가를 실시할 수 있음

○ (반납지연) 연구개발기관이 연구개발비 정산금을 통보받은 후 정당한 사유 없이 3개월 이상 반납을 지연하는 경우 채권추심 등 연구비 회수를 위한 조치를 취할 수 있음

10. 연구개발비 사용내역 보고

가. 연구개발기관은 다년차 과제의 연도별 연구개발비 사용내역을 다음 연차 연구개발비 사용 시작 전까지 통합RCMS의 사용내역 보고절차에 따라 보고하여야 함(단계종료연도 및 최종연도 제외)

나. 연구개발기관은 사용내역에 대한 상시점검에 성실히 협조하여야 함

다. 상시점검 결과 발생한 불인정금액은 과제 종료 전까지 원상복구 처리할 수 있으며, 이 경우 별표 2에 따른 회수 대상에 포함하지 아니함

Ⅵ. 국제공동연구 연구개발비(해외송금사업비)의 집행 및 정산

1. 연구개발비 구성 및 지급

국제공동연구 연구개발비(해외송금사업비)의 비목별 산정기준, 사용 및 정산에 관한 사항은 관련 법령 등에 따르며, 그 외에 세부사항은 다음과 같음

가. 연구개발비의 구성

○ 연구개발과제 공모 시 과제제안요구서(RFP)에 국제공동연구 포함 여부가 명시된 경우 계상 가능

* 과제제안요구서에 명시되지 않은 경우에도 선정평가 시 국제공동연구 추진의 당위성 및 예산 사용계획의 적정성 등이 인정된 경우 계상 가능

나. 연구개발비의 지급

○ 연구개발과제 협약 시 농촌진흥청장이 해외기관에게 지급하는 연구개발비 규모는 원화를 기준으로 함

- 농촌진흥청이 협약 시점에 연구개발비를 전부 지급하지 않을 때는 협약서상 지급 시기별 원화 지급액을 실제 연구개발비 지급일 당시의 환율로 환전하여 외화로 지급

* 다만, 이는 연구개발비 지급을 위한 것이며 정산과 관련해서는 협약서상 기준 환율을 기준으로 함

- 해외기관은 연구개발계획서의 연구개발비 사용 계획을 작성할 때는 연구개발과제 협약 시 정한 기준 환율*을 적용한 해외기관 소재국의 통화로 작성할 수 있음

* 국내 연구개발기관과 해외기관 간 협약 체결 시 환율 적용 기준일을 설정하여야 하며, 서울외국환중개(www.smbs.biz)에서 고시하는 매매기준을 참고하여 송금 기준일의 환율로 적용할 수 있음

< 연구개발비 지급 등 절차별 통화 적용 기준 >

절차구분	통화 적용 기준
연구개발비 지급	▪원화 지급 원칙
연구개발비 사용계획	▪연구개발계획서 내 연구개발비 사용계획은 원화로 작성하는 것이 원칙이며, 협약서 등에는 협약 시 정한 기준환율을 적용하여 해외기관 소재국의 통화(외화)로 작성할 수 있음
연구개발비 사용실적 보고 및 정산	▪연구개발비 사용계획 작성 시 적용한 통화로 사용실적 보고 및 정산 실시
연구개발비 회수	▪회수금이 외화로 산출된 경우, 협약 시 정한 기준환율로 환산하여 원화로 회수금 재산정

2. 연구개발비 계상 및 사용 기준

가. 연구개발비의 사용 용도

○ 해외기관에게 지급된 연구개발비도 직접비와 간접비로 구성하며 각 항목별 사용용도를 준수할 필요가 있음. 항목별 사용용도는 국내기관을 대상으로 하는 본 지침 제2장(연구개발비의 산정)의 내용을 준용함

- 다만, 국내와 해외의 법률 및 거래 관례의 차이를 고려*하여 해외기관의 연구개발비 사용기준을 달리 정할 수 있음

* 근거: 사용기준 제116조(연구개발비 사용기준 특례) 제3항

○ 기관부담연구개발비 중 현물 계상이 가능한 사용 용도

- 농촌진흥청장은 사업의 목적·성격 등을 고려하여 필요한 경우 해외기관에게 기관부담연구개발비를 부담하게 할 수 있으며, 이 경우 해외기관은 아래 용도에 한하여 현물로 부담할 수 있음

* 인건비, 연구시설·장비비, 연구재료비, 연구활동비 내 기술도입비

※ 현물 계상이 가능한 사용 용도는 혁신법 시행령 별표 1에 기술된 내용으로써 특례가 적용되지 않는 사항이므로 반드시 준수하여야 함

나. 공통 계상 및 사용기준

○ 연구개발비는 계상한 바에 따라 사용하고, 사용용도 및 사용기준을 준수하였음을 입증할 증명자료를 구비하여야 함

- 모든 증명자료는 영어 또는 한국어로 작성되어야 하며, 그 외 언어로 작성된 증명자료는 주요 내용을 영어 또는 한국어와 아라비아 숫자로 번역한 번역문을 첨부하여야 함

- 다만, 아래의 경우 해당 보고서가 영어로 작성되었다면 번역된 증명자료를 구비하지 않아도 됨

* 공인회계사 등 해외기관 소재국의 법률에 따라 회계에 관한 증명업무를 수행하는 자 또는 기관으로부터 연구개발비 사용기준을 준수한 것으로 감사의견을 받은 정산보고서를 제출하는 경우

* 해외기관 고유의 자체정산 시스템에 따라 해당 국가의 언어로 작성되고, 해외기관의 직인/날인을 받은 정산보고서를 제출하는 경우

○ 연구개발비는 연구비카드 또는 계좌이체 형태로 사용함을 원칙으로 하되, 연구비카드 또는 계좌이체의 형태로 사용할 수 없는 경우에는 현금, 법인카드 또는 수표 발행 형태로 사용 가능

○ 연구개발비를 계좌이체, 수표 발행, 현금지급 형태로 법인 등 사업자와 거래할 때에는 해외기관 소재국의 법률에 따라 거래당사자 간에 수수해야 하는 세금계산서 또는 이에 준하는 거래증명서류를 필수 첨부하여야 함

다. 항목별 계상 및 사용기준

(1) 간접비 계상기준

○ 농촌진흥청장은 사업공고문에 명시하거나 협약 시에 해외기관과의 협의를 통해 해외기관의 간접비 비율을 개별적으로 정할 수 있음. 다만, 해외기관 소재국이 간접비 비율을 적용하는 모수가 한국의 수정직접비*와 다른 경우가 있을 수 있으므로, 이를 고려하여 해외기관과 충분한 소통 및 조율이 필요함

* 수정직접비: 직접비 중 ‘현물 부담액’과 ‘위탁연구개발비’를 제외한 금액

- 해외기관의 간접비 비율은 해외기관 소재국의 정부지원금에 적용되는 간접비 비율이 있다면 해당 비율을 활용할 수도 있고, 해외기관 소재국의 정부지원금에 적용되는 간접비 비율이 없다면 국내기관의 간접비 비율을 준용하여 해외기관이 소재국 소관 법령상 영리기관인 경우 수정직접비의 10%, 비영리기관인 경우 수정직접비의 17%를 적용할 수 있음

○ 해외기관은 연구개발과제의 간접비를 효율적으로 관리하기 위하여 별도 계정으로 이체 또는 계정 대체할 수 있음

○ 해외기관이 연구개발과제 계정에서 별도 계정으로 이체 또는 계정 대체한 간접비는 집행실적서 등에서 사용된 연구개발비로 봄

3. 연구개발비 정산·회수 절차

가. 해외기관의 연구개발비 사용의 상시점검

○ 농촌진흥청장은 연구개발과제 수행에 지장을 주지 아니하는 범위 내에서 정산 실시 전에 연구개발비의 연차별 출연 연구비 산출내역에 근거한 사용내역을 점검하고, 그 결과 연구개발비 사용용도나 사용기준을 위반할 소지가 있다고 판단되는 사용 내역에 대하여는 연구개발기관의 장에게 확인을 요구할 수 있음

- 농촌진흥청장은 해외기관 연구책임자가 연구개발비 사용내역을 제출하지 아니하는 경우 해당 연구개발기관의 장에게 확인을 요구할 수 있음

나. 연구개발비 정산 절차 및 방법

○ 연구개발비 집행실적보고

- 해외기관의 장은 해당 연도 및 연구개발과제 종료(단계가 있는 경우 해당 단계의 연구개발과제가 끝나는 날) 후 1개월 이내에 연구개발비 사용용도와 사용실적(이자 총액 포함)이 기재된 해외송금사업비 집행실적서를 국내 연구개발기관의 책임자에게 제출하고, 해당 책임자는 제출된 집행실적서의 정산내역을 검토한 후 연구비통합관리시스템에 제출하여야 함

* 국내 연구개발기관이 농촌진흥청 소속 연구기관인 경우, 해외기관으로부터 제출받은 해외송금사업비 집행실적서를 검토하여 농촌진흥청장에게 제출하는 것으로 연구비통합관리시스템 제출을 대체할 수 있음

- 연구개발비 중 정부지원금의 전액 또는 일부를 집행실적보고 이후에 지급하는 경우에도 연구개발과제 협약에 따른 연구개발비 총액에 대한 사용내역을 제출하여야 함

※ 제출서류: 해외송금사업비 집행실적서, 자체 회계감사 의견서, 연구개발비 사용 증명자료, 정산보고서(해당 시), 현물부담 확인서(해당 시), 연구개발기관의 자체규정(해당 시)

○ 연구개발비 정산 실시

- 농촌진흥청장은 제출받은 연구개발비 집행실적서에 적힌 사용용도와 사용실적이 연구개발과제 협약에서 정한 연차별 출연 연구비 산출내역과 연구개발비 사용기준에 적합한지 여부를 검토하는 방법으로 연구개발비의 정산을 실시함

* 연구개발비가 부담기준, 사용용도, 계상기준, 인정기준 및 사용절차에 부합하거나 연구개발비의 사용계획의 변경에 대한 사전승인을 얻은 경우 적합한 연구개발비 사용으로 인정

- 농촌진흥청장은 제출된 집행실적서(또는 연구비통합관리시스템에 입력된 정보·자료)에 더하여 연구개발기관의 장에게 정산에 필요한 정보·자료(연구개발기관의 부적절한 연구비 관리·사용으로 인해 내부 및 외부기관으로부터 수사·조사·감사·자료요구 등을 받은 사안 또는 결과를 포함)를 추가로 요구할 수 있으며, 제출된 정보·자료의 정정·보완을 요구할 수 있음

다. 연구개발비 정산의 특례

○ 농촌진흥청장은 다음의 연구개발과제에 대하여 해외송금사업비 집행실적서의 제출 여부를 확인하는 방법으로 정산할 수 있음

* 자체 정산 역량을 충분히 갖춘 것으로 농촌진흥청장이 인정하는 연구개발기관이 수행하는 연구개발과제

※ 예시: 공인회계사 등 해외기관 소재국의 법률에 따라 회계에 관한 증명업무를 수행하는 자 또는 기관으로부터 협약 시 정한 연구개발비 사용기준을 준수한 것으로 감사의견을 받은 정산보고서를 제출한 연구개발과제 등

라. 연구개발비 회수

○ 연구개발기관이 부담하는 연구개발비 중 현물로 부담한 금액이 다음의 계산식에 따라 산출된 현물 부담액*(계산식에 따라 현물 부담액을 산출하는 것이 불가한 경우에는 협약에서 정한 현물 부담액으로 한다)보다 부족한 경우 그 부족분에 해당하는 금액

* 현물 부담액: 연구개발과제 협약으로 정한 현물 부담액 × (현금으로 계상된 연구개발비 중 적정하게 사용된 연구개발비로 인정하는 금액 ÷ 현금으로 계상된 연구개발비)

○ 현금으로 계상된 연구개발비 중 적정하게 사용된 연구개발비로 인정하는 금액을 제외한 금액에 대하여 다음의 계산식에 따라 계산된 정부지원금 지분*에 해당하는 금액

* 정부지원금 지분: 정부가 지원한 연구개발비 ÷ (정부가 지원한 연구개발비 + 연구개발기관이 현금으로 부담한 연구개발비 + 그 외 기관·단체·개인이 현금으로 지원한 연구개발비)

○ 직접비 사용비율(직접비 사용비율을 산정함에 있어 현물은 고려하지 아니 함)이 100분의 50 이하인 연구개발과제의 간접비 사용비율이 직접비 사용비율을 초과한 경우에는 다음 계산식에 따라 계산한 금액

* 간접비 총액 × (간접비 사용비율 – 직접비 사용비율)

○ 해외기관의 연구개발과제 협약이 해약된 경우 간접비 사용 잔액

- 연구개발기관 또는 연구자의 귀책사유로 중단되는 경우에는 중단일이 포함된 달의 간접비 1개월분 전액을 포함하여 간접비를 월할 계산한 금액과 간접비 초과사용 금액 계산식에 따라 계산한 금액 중 많은 금액

- 연구개발기관 또는 연구자의 귀책사유가 아닌 사유로 협약이 해약되는 경우에는 간접비 초과사용 금액 계산식에 따라 계산한 금액

○ 회수 금액을 통보받은 연구개발기관의 장은 통보를 받은 날부터 1개월 이내에 농촌진흥청장이 지정하는 계좌에 회수 금액을 반납하여야 함. 다만, 국가안보 또는 사회·경제적 긴급한 상황이 발생하여 농촌진흥청장이 연구개발비 회수의 시기와 방법을 달리 정하는 경우에는 이에 따라 회수 금액을 반납하여야 함

* 회수에 따른 송금 수수료 등의 비용은 연구개발기관 간접비에서 사용함

○ 연구개발과제 협약에 따라 연구개발계획서의 연구개발비 사용계획을 외화로 기재한 경우 연구개발비 사용내역과 회수금액을 외화로 산출하되, 외화로 표시된 회수금액에 협약 시 정한 기준환율로 환산한 원화금액으로 회수금액을 재산정하여 회수하여야 함

Ⅶ. 위탁정산

1. 업무절차(사용내역 보고 및 정산)

1		위탁정산기관 지정		농촌진흥청 (과제 단위)		협약 1개월 이내
2		연도별 수수료 지급		연구개발기관 → 위탁정산기관(연도별 지급)
3		연구개발비 사용내역 보고 또는 사용실적보고서 제출		주관(위탁 포함), 공동 연구개발기관		▪사용내역 보고: 다음연차 연구개발비 사용시작 전까지 ▪사용실적 보고: 연구개발과제 또는 단계 종료 후 3개월 이내
4		위탁정산기관의 사용내역 보고 또는 사용실적보고서 검토결과 확인		위탁정산기관 → 주관연구개발기관
5		검토보고서 제출		위탁정산기관 → 농촌진흥청
6		(정산) 연구개발비 사용실적 검토결과 통보		농촌진흥청 → 주관(공동, 위탁) 연구개발기관
7		정산금에 대한 이의신청		주관(공동, 위탁) 연구개발기관 → 농촌진흥청
8		정산금 확정 결과 통보		농촌진흥청 → 주관(공동, 위탁) 연구개발기관
9		정산금 반납 및 보고		주관(공동, 위탁) 연구개발기관 → 농촌진흥청

2. 정산 세부절차

가. 위탁정산기관

○ 위탁정산기관은 연구개발기관이 연차별로 제출하는 사용내역의 검토를 완료한 경우 사용내역 연차보고서 및 검토결과(상시점검 보고서)를, 정산을 완료한 경우 연구개발비 사용실적보고서 및 검토결과를 연구개발기관에 송부함

* 주관연구개발기관이 농촌진흥청(또는 소속기관)인 경우 주관연구개발기관에 송부 및 확인 절차 생략

나. 연구개발기관

○ 연구개발기관(주관, 공동)이 통합RCMS에서 연구개발비 사용내역 연차보고서 또는 사용실적보고서를 제출하고, 주관연구개발기관이 위탁정산기관에서 송부한 연구개발비 검토결과를 확인한 경우에는 공동연구개발기관은 주관연구개발기관에, 주관연구개발기관은 농촌진흥청에 출연금의 사용내역 또는 사용실적을 제출한 것으로 간주함

3. 정산 수수료

□ 연구개발과제 단위로 책정하고, 주관연구개발기관에서 연도별로 지급

○ 단, 주관연구개발기관이 농촌진흥청(또는 소속기관)인 경우 공동연구개발기관에서 연구개발비 비율로 지급

* 연구개발비 비율로 배분하는 정산수수료가 1십만 원 미만인 기관은 1십만 원으로 책정하여 배분

* 연도별 수수료는 최종연도(단계로 구분된 경우 단계의 마지막 연도)가 아닌 연도에는 ‘상시점검수수료’로, 최종연도에는 ‘정산수수료’로 지급

< 정산 수수료(부가가치세 포함), 2023년도 연차사업부터 적용 >

연도별 연구개발비 규모 (출연금 + 민간부담금 현물·현금)	기준수수료 (단위: 천원/건)
0.5억 원 미만	750
0.5억 원 이상 ～ 1억 원 미만	820
1억 원 이상 ～ 2억 원 미만	980
2억 원 이상 ～ 3억 원 미만	1,080
3억 원 이상 ～ 5억 원 미만	1,320
5억 원 이상 ～ 10억 원 미만	1,440
10억 원 이상	1,800

※ 연도별 상시점검수수료는 가산금을 포함한 정산수수료 기준액의 85% 적용

< 위탁·공동 연구개발기관 수에 따른 가산금 >

참여기관 수	주관연구개발기관: 일반	주관연구개발기관: 농촌진흥청
0개	없음	-
1개	수수료의 10%	없음
2개	수수료의 5% 가산	수수료의 10%
3개 이상	1개 기관 추가 시 5%씩 가산	1개 기관 추가 시 5%씩 가산

< 연구개발기간에 따른 최종연도의 정산수수료 가산금 >

연구개발기간	가산금
1년 이하	없음
1년 초과	매연도별 상시점검이 수행된 연구개발비 기준수수료의 15%씩 가산 (위탁 및 공동 연구개발기관의 수에 따른 가산금을 포함하여 산정)

Ⅷ. 기타사항

□ 본 지침은 개정일부터 시행함.

□ 본 지침에 명시되지 않은 사항은 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준을 준용함. 그밖에 사항은 연구개발기관의 자체규정이 있을 경우 그 규정을 적용할 수 있음.

별  표

【별표 1】

비목 및 세목별 필요 증빙 가이드라인

비 목	세 목	세세목	제출 증빙
직접비	인건비	인건비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁참여연구자별 계좌이체증명 ⦁개인별 급여명세서(급여산출내역) ⦁건강보험자격득실 확인서 ⦁외부 참여연구자의 경우 해당 기관장의 참여 확인서, 인건비 지급 통보서
	학생인건비	학생인건비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁계좌이체증명
직접비	연구시설·장비비, 연구재료비	연구시설·장비구입·설치비 연구시설·장비임차비 연구시설·장비운영·유지비 연구인프라조성비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서 또는 계좌이체증명) ⦁거래명세서(검수조서, 납품서: 날짜 표시) ⦁추가 증빙 - 토지 등 임차 시 임차물의 소유를 확인할 수 있는 서류 - 농가 구입 시 농업경영체 등록 확인서, 신분증, 구입 물품 증빙서류 - 외부제작 및 구매를 의뢰한 경우 견적서 - 계약서 작성에 의해 거래된 경우 계약서 - 취득가격이 3천만 원 이상인 연구장비 또는 취득가격이 3천만 원 미만이라도 공동활용이 가능한 연구장비는 연구시설·장비종합정보시스템(ZEUS)에서 발급받은 ‘국가연구시설장비정보등록증’ - 시험제품, 시험설비의 내부제작의 경우, 재료비의 소요내역서를 구체적으로 기술하여 첨부
		연구재료구입비
		연구재료제작비
		전산처리·관리비
직접비	연구활동비	국외여비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서), 참여연구자별 계좌이체증명 ⦁출장자·기간·장소·목적·여비산출내역 확인자료 ⦁내부결재를 받은 출장결과보고서 ⦁출입국일 확인 가능한 서류(여권사본 또는 출입국 사실증명서 등)
		국내여비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서), 참여연구자별 계좌이체증명 ⦁출장자·기간·장소·목적·여비산출내역 확인자료 ⦁출장사실을 증명할 수 있는 숙박·교통·식대 등의 영수증 중 어느 하나. 단, 실비 지급의 경우 실비를 확인할 수 있는 영수증 일체
		전문가활용비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁전문가별 계좌이체증명 ⦁전문가 인적사항·자문내역이 포함된 전문가 자문확인서 ⦁특정전문기관과 계약한 경우: 계약서, 내부결재를 받은 결과보고서
		시험·분석·임상검사비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서 및 계좌이체증명) ⦁내부결재를 받은 결과보고서
		기술정보활동비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서 및 계좌이체증명) ⦁추가 증빙 - 대규모 설문조사 답례품구입비: 수령인 명부 - 특허정보조사비(지식재산 창출 활동비): 내부결재를 받은 결과보고서 - 논문게재료: 논문명, 학술지명, 게재 연월일 등을 확인할 수 있는 자료
		세미나개최비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서 및 계좌이체증명) ⦁세미나 개요(일시, 장소, 참석자명단, 목적, 세미나 내용 등)를 확인할 수 있는 자료
직접비	연구활동비 (계속)	회의비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) 또는 회의록(10만 원 이하의 회의비는 회의의 목적 등이 기재된 증명자료 첨부 시 제외 가능) ⦁카드매출전표(세금계산서 및 계좌이체증명)
		사무용품비 (연구실운영비)	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서 및 계좌이체증명) ⦁구입품목 확인자료
		연구환경유지비 (연구실운영비)	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서 및 계좌이체증명) ⦁구입품목 확인자료
		교육훈련비 (연구인력지원비)	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서), 참여연구자별 계좌이체증명 ⦁일시·장소·참가자·교육훈련 내역 확인자료, 수료증
		학회·세미나참가비 (연구인력지원비)	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서), 참여연구자별 계좌이체증명 ⦁일시·장소·참가자·학회세미나 내역 확인자료(학회 공고문 또는 학회 책자 표지 사본, 등록비영수증 등)
		특근식대 (연구인력지원비)	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서 및 계좌이체증명) ⦁초과근무내역 확인자료(초과근무자, 일시, 내역, 감독자 확인 포함)
		수용비및수수료등 (연구개발과제와 직접 관련있는 그 밖의 비용)	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁카드매출전표(세금계산서 및 계좌이체증명) ⦁추가 증빙 - 도서문헌구입비: 구입목록 확인자료 - 인쇄비: 인쇄책자의 표지 사본 - 원고료, 번역료, 통역료, 속기료 등: 특정전문기관과 계약한 경우 계약서
직접비	연구수당	연구수당	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁참여연구자별 계좌이체증명 ⦁연구책임자의 참여연구자에 대한 기여도 평가서류(평가기준, 방법이 포함된 평가계획 및 결과 등)
	보안수당	보안수당	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁참여연구자별 계좌이체증명 ⦁수당 산출내역, 내부규정
	위탁연구개발비	위탁연구개발비	⦁세금계산서 또는 계산서
	국제공동연구개발비	국제공동연구개발비	⦁내부결재문서 ⦁계좌이체증명, ⦁국외기관과의 기관 간 협약서(연구개발계획서 포함) ⦁연구결과물, 연구비 집행실적서
간접비	간접비	인력지원비	⦁내부결재문서(지출결의서, 품의서) ⦁계좌이체증명 ⦁영리기관의 경우 집행 건별 내부결재문서, 카드매출전표(세금계산서 또는 계좌이체증명)
		연구지원비
		성과활용지원비

※ 이 외에도, 혁신법 매뉴얼에 따른 추가 증명자료 요청이 있을 수 있음

【별표 2】

불인정금액의 회수기준 및 범위

1. 연구개발비 불인정금액 회수기준

가. 연구기간 이전 또는 연구기간(단계로 구분된 경우 해당 단계) 종료 후 집행한 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 비용으로서 실제 사용된 것이 확인된 금액은 회수하지 않는다.

(1) 연구수행 기간 중 원인행위를 하고 사용실적보고 시까지 집행이 완료된 직접비(다만, 시설·장비의 구입·설치비는 제외한다)

(2) 연구기간 종료 후의 인건비(연구기간 마지막 월), 연구수당, 정산수수료, 보고서 발간 및 평가 관련 비용(시험분석결과서 발행 비용 포함) 등 부대경비

나. 사용기준 및 본 지침에 근거하여 농촌진흥청장이 불인정금액으로 확정하여 통보한 금액

다. 연구개발과제 수행과 관련이 없거나 증명서류가 미비한 집행 금액

라. 연구비카드 또는 계좌이체로 집행하지 않은 금액

마. 사용기준 제73조제1항 및 본 연구개발비 관리지침에 따라 승인이 필요한 사항에 대하여 미리 승인을 얻지 않고 집행하였거나 규정된 범위를 초과하여 사용한 금액 및 사업비 사용실적보고를 허위로 한 금액

바. 연구개발기관의 장이 연구책임자(또는 공동·위탁 책임자)의 발의에 의하지 않고 집행한 직접비(사용기준 제70조제1항 각 호의 경우) 및 연구개발과제에 참여하지 않은 연구원에게 지급한 금액

사. 연구개발비 사용금액으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 금액

구  분

연구개발비 불인정 기준

직접비

연구활동비

1) 국내 출장여비: 숙박·교통·식대 등의 영수증 중에 어느 하나 이상의 영수증도 갖추지 아니하고 집행한 금액

2) 회의비: 내부결재문서 또는 회의록 없이 집행하였거나, 외부기관 참석 없이 단일기관 내부직원(내부 참여연구자 포함) 간 회의비로 집행한 금액(10만 원 이하의 회의비는 회의의 목적 등이 기재된 증명자료 첨부 시 내부결재문서 또는 회의록 제외 가능)

3) 해당 연구개발과제 수행과 관련한 식대 : 평일 점심 식대로 집행한 금액

직접비

연구수당

1) 연구개발계획서상의 금액을 초과하여 사용한 금액(인건비를 연구개발계획서상의 금액보다 증액한 경우에도 연구수당을 연구개발계획서상의 금액보다 증액할 수 없음)

2) 기여도 평가 등 합리적인 기준 없이 지급한 금액

3) 개인별 최대 지급률에 해당하는 금액을 초과하여 지급한 금액

4) 실집행 인건비의 20%를 초과하여 지급한 금액

5) 연구수당을 임금과 통합하여 지급한 금액

6) 연구수당을 연구자가 회수하여 공동관리한 경우 해당금액

7) 연구수당 집행비율이 직접비 집행비율을 20% 포인트 이상
초과한 경우 다음 계산식에 따라 계산한 금액

연구수당 지급액 × (연구수당 지급비율-직접비 사용비율-20/100)

간접비

1) 연구개발계획서상의 금액보다 증액하여 사용한 금액

2) 직접비 집행비율이 100분의 50이하인 경우 간접비 집행비율이 직접비 집행비율을 초과한 경우 다음 계산식에 따라 계산한 금액

간접비 총액 ⨯ (간접비 집행비율 – 직접비 집행비율)

아. 민간의 실제 현물부담액이 협약에서 정한 현물부담액보다 부족한 경우, 그 부족분에 해당하는 금액

2. 불인정으로 회수되는 금액의 범위

가. 제1호가목부터 사목까지 및 자목에 해당하는 경우: 각 목에 해당하는 금액 중 정부출연 연구개발비와 민간의 현금부담 연구개발비를 합산한 금액에서 정부출연 연구개발비가 차지하는 비율에 해당하는 금액

나. 제1호아목에 해당하는 경우: 현물부담액 부족 금액을 현금으로 회수