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의안번호	제 1 호		심의 사항
심 의 연 월 일	2026. 08. 26. (제 8 회)

2026년도 국가연구개발
행정제도개선(안)

국가과학기술자문회의

심의회의

제 출 자	부총리 겸 과학기술정보통신부장관 배경훈
제출 연월일	2026. 8. 26.

1. 의결주문

○ ｢2026년도 국가연구개발 행정제도개선(안)｣을 별지와 같이 의결함

2. 제안이유

○ ｢국가연구개발혁신법｣ 제28조에 따라 이해관계인·전문가 등의 의견을 수렴하여 동법 제29조제3항 중 ‘국가과학기술자문회의의 심의를 거쳐 매년 8월 31일까지 관계 중앙행정기관의 장에게 통보하여야 한다.’에 따라 국가연구개발행정제도 개선을 추진하고자 함

3. 주요내용

□ 도전적 연구 촉진을 위한 과제평가 패러다임 대전환

ㅇ (과제평가 혁신) 안정지향적 연구문화 혁신을 위해 과제평가 등급제가 폐지(ʼ26.7) 됨에 따라 후속 평가 체계를 마련(ʼ26.10)하고 ʼ27년부터 전면 시행

- 단계‧최종 평가 시 수행 과정 및 결과에 대해 종합적으로 검토하여 우수과제(괄목할만한 성과, 의미있는 도전)를 선정하고 인센티브 부여

- 법령 위반, 연구부정 등 수행과정이 불성실한 과제를 미완료로 분류하고 패널티(참여제한, 제재부가금 등) 부여

ㅇ (무빙타겟 도입) 기술 환경변화에 대응한 연구목표 변경(무빙타겟)이 가능하도록 신속 처리 절차(일주일 이내)를 마련하고 네거티브 방식의 공통 기준* 제시

* 선정평가에서 탈락한 과제의 제안 내용으로 연구방향 선회, 탈락한 과제의 핵심 연구내용 또는 방법론과 유사·중복, 전혀 없는 새로운 과제로의 변경 등은 불가

ㅇ (제척‧회피 기준 마련) 과제평가단 구성시 제척기준을 세분화하고, 자발적 회피절차를 신설하는 한편, 우수 평가위원 등의 구분‧관리 기준 마련

□ 연구비 집행 자율성·책임성 강화

ㅇ (연구비 집행 간소화) 단계종료~평가확정까지 인건비 용도의 잔액 집행 계속 허용* 및 단계 구분 사업에 대한 시설‧장비 도입 기한 완화**

* (현행) 단계평가 후 단계이월 절차 개시 → (개선) 잔액 자동이월 및 인건비 집행 사후 승인

** (현행) 단계종료일 2개월 전까지 장비 도입(검수)완료 필수 → (개선) 과제종료일 기준으로 제한 완화

ㅇ (장비 수의계약 제한완화) 연구시설‧장비 수의계약 한도를 상향(2천만원 → 5천만원)

ㅇ (간접비 고시 개선) 매년 12.31일을 기준으로 간접비를 고시하여 연중부터 적용하도록 하고, 간접비 고시비율 변경에 따른 협약 변경을 통보 방식으로 변경

※ 간접비 증액에 따른 협약변경 빈도를 줄이기 위해 간접비 비율 고시 시기를 협약 변경이 주로 이루어지는 연초 이전(~12.31)으로 정례화 추진

ㅇ (연구수당 개편) 연구수당의 1인(연구책임자) 편중문제 방지를 위하여 과제별 인건비(미지급 포함) 100% 이내 개인별 상한 도입

※ (현행) 총액상한(전체인건비 20%), 배분상한(1인 70%) 적용 → (개선) 현행 + 개인별 상한(과제별 인건비 100%)

□ 연구행정 효율성 강화

ㅇ (연구비 정산 표준화) 범부처 정산 가이드 및 사례집 발간을 통하여 부처별‧회계법인별 상이한 연구비 세부 집행‧정산 기준을 표준화

※ 연구비 정산을 담당하는 회계법인에 대한 지정·관리 방안을 함께 검토

ㅇ (실적 보고서 간소화) 과제 수행 기간이 6개월 미만인 경우 연차보고서를 차기 연도에 통합*하도록 개선하고, 연차별 연구비 사용실적 보고는 폐지

* 최초연도 협약기간이 6개월 미만인 경우 차기 연도 연차보고서에 통합하고, 최종연도 협약기간이 6개월 미만인 경우 직전 연도 연차보고를 최종연도와 통합하여 최종보고서로 제출

□ 국제공동연구 관리 체계화

ㅇ (연구비‧IP 관리 강화) 국제공동연구 연구비 집행관리를 체계화하는 한편, 명확한 권리기준 공고, 전문가 컨설팅 등 IP 확보 전주기 지원

4. 참고사항

□ 연구개발행정제도 개선 기본지침 마련 및 관계부처 통보 (‘26.3~4월)

□ 제도개선 관련 연구현장 및 관계 부처 의견 수렴 (‘26.4월∼5월)

□ 제도개선위원회 및 관계부처‧전문기관 협의 (‘26.6월~7월)

□ 관련 규정 개정 등 후속조치 (‘26.9월~)

붙임		추진전략 및 중점 추진과제

목표

신뢰와 책임 기반의 자율적 연구행정 촉진

추진방향

연구자의 자유로운 도전 및 창의적 성과 창출을 위하여

현장 기반으로 실질적 체감 가능한 제도개선 추진

추진

전략

및

중점
추진

과제

도전적 연구 촉진을 위한 과제평가 패러다임 대전환

1

우수과제 선별‧지원 강화 등 단계‧최종평가 체계 혁신

2

유연한 연구목표 조정(무빙타겟) 체계 전면 도입

3

전문성‧공정성 제고를 위한 평가위원 제척기준 등 보완

연구비 집행 자율성·책임성 강화

4

단계 구분에 따른 연구비 집행 간소화

5

연구시설‧장비 수의계약 한도 완화

6

간접비 비율 고시 시기 정례화‧변경절차 개선

7

연구수당 지급 기준 개편

연구행정 효율성 강화

8

부처‧회계법인별 연구비 기준 표준화

9

연구비 사용실적 보고 간소화

10

연차보고서 제출의무 예외 신설

국제공동연구 관리 체계화

11

연구개발비 집행관리 강화

12

연구단계별 IP 확보 지원

2026년도 국가연구개발 행정제도개선(안)

2026. 8.

목    차

Ⅰ. 추진배경 및 경과	1

1. 연구개발제도개선의 의의 및 근거	1

2. 2026년도 추진 경과	2

Ⅱ. 추진전략 및 중점 추진과제	4

Ⅲ. 세부 추진방안(안)	5

1. 도전적 연구 촉진을 위한 과제평가 패러다임 대전환	5

2. 연구비 집행 자율성‧책임성 강화	9

3. 연구행정 효율성 강화	13

4. 국제공동연구 관리 체계화	16

Ⅳ. 향후 계획(안)	18

Ⅰ. 추진배경 및 경과

□ 연구개발제도개선의 의의 및 근거

□ (의의) 현장 중심의 선도적 연구환경 조성을 위해 현장수요에 기반한 국가연구개발 행정제도*(이하 ’연구제도‘) 개선

* 혁신법 및 그 하위규정, 각 부처 소관 관련 법령·시책 등을 포괄

ㅇ 국가연구개발 역량을 제고하기 위하여 자율적이고 책임있는 연구환경을 조성할 수 있는 연구제도 마련

ㅇ 연구개발 효율성 제고 및 선도적 연구 촉진을 위해 연구제도의 합리성을 제고하고 현장의 부담을 완화

ㅇ 대내외 환경변화에 대응 가능하도록 연구제도를 지속 정비‧고도화

□ (근거) ｢국가연구개발혁신법｣ 제28~30조

ㅇ (제28조) 정부는 매년 이해관계인·전문가 등의 의견을 수렴해야 하며, 누구든지 연구제도의 개선을 제안할 수 있음

ㅇ (제29조) 연구제도 개선의 체계화된 절차 제시

□ (제1항) 과기정통부는 제도개선 기본지침을 수립하고 관계부처에 통보

□ (제2항) 관계부처, 연구기관 등은 기본지침에 따라 제도개선 의견을 과기정통부에 제출

□ (제3항) 과기정통부는 제도개선 의견을 반영하여 제도개선안을 마련하고 관계 부처에 통보

□ (제4항) 개선사항은 부처별로 다음연도 소관 규정 및 시책에 반영

ㅇ (제30조) 연구기관 등의 내부규정과 활동에 대해 개선을 권고하고, 이행 실태를 확인‧점검

□ 2026년도 추진경과

□ 기본지침 마련 및 통보(ʼ26.3~4월)

ㅇ 현행 연구제도 분석 및 현장 의견수렴 등을 기반으로 ｢2026년도 국가R&D 행정제도 개선 기본지침(안)｣ 마련(3.27, 과기 자문회의 운영위)

※ 권역별 설명회 및 간담회(‘26.1월) 등을 통해 제기된 의견, 연구개발 제도에 대한 내‧외부 의견을 검토하여 기본지침(안)에 포함

ㅇ 기본지침 관계부처 통보 및 제도개선 의견수렴 실시(4월)

□ 관계부처 및 연구현장의 제도개선 의견 접수 및 제도개선 점검(4~5월)

ㅇ 부처 및 전문기관(공문), 온라인(IRIS‧민간플랫폼), 주체별 간담회 등을 통해 총 349건 의견 접수

	< 제도개선 의견수렴 세부 추진경과(’26.4~5) >
• (공문) 관계 부처 및 소관 사업 수행 연구기관 의견수렴(4.1~4.30) • (온라인) IRIS R&D 신문고 통한 연구자 의견수렴(4.1.~5.30) • (간담회) 실질적 애로사항 파악을 위한 주체별 의견수렴(4.30~5.30) * 학생연구자, 신진연구자, 중소기업 연구자, 우수연구자, 글로벌리더, 산단 및 전문기관 실무자 등 • (민간플랫폼) 카카오·네이버 등 전국민 메신저를 활용한 온라인 의견수렴(5.1~5.30)

ㅇ 국가R&D 비중 상위 8개 부처* 제도담당자로 구성된 제도개선점검단을 통하여 旣 개선사항 점검 및 부처별 규정 현황조사를 통하여 개선과제 발굴

* 과기정통부, 산업부, 중기부, 기후부, 교육부, 복지부, 해수부, 국토부(ʼ26년 예산 기준)

□ 민간전문가 위원회 등 통한 제도개선 의견 검토(6~7월)

ㅇ 정책 대상자(연구자) 및 현장 실무자 중심의 협의체(연구자‧연구행정‧전문기관‧기업 등 4개 분과)를 통해 중점 추진과제(안) 마련

ㅇ 민간전문가 중심의 행정제도개선위원회*를 통해 중요성, 파급효과, 지속가능성 등을 종합적으로 검토하여 우선순위 선정

* 대학·기업·출연연 연구자, 제도‧법률 전문가, 전문기관 등 12명으로 구성

ㅇ 중점 추진과제별로 관계부처, 전문기관, 연구기관 등 심층 협의를 통하여 개선방안 도출

< 참고 : 국가R&D 행정제도개선 의견수렴 주요결과 >

□ 의견수렴 결과

ㅇ (매체별) 민간플랫폼(카카오·네이버)을 활용한 개선수요 발굴(172건)이
가장 많았으며, 간담회(96건), 온라인(IRIS)(71건), 공문(10건) 순으로 나타남

ㅇ (영역별) 연구비 집행·정산·관리(82건)가 가장 많았으며, 기획, 공고 및 협약(59건), R&D 체계(51건), 평가, 성과관리 및 활용(42건) 순으로 나타남

< 매체별 의견수렴 결과 >	< 분야별 의견수렴 결과 >

□ 검토 및 반영 결과

ㅇ 총 349건 중 본 제도개선안에 49건 반영, 109건 기개선 또는 개선 추진 중, 타당성 부족 등 미반영 87건, 제도 관련성 없음* 104건 등

* 특정 사업 또는 투자 분야 관련 의견 등

※ 제도개선 방향에 미부합하거나 개선 추진 중인 의견에 대해서는 향후 정책수립 및 제도개선 시 참고할 수 있도록 관련 부서에 전달

Ⅱ. 추진전략 및 중점 추진과제

목표

신뢰와 책임 기반의 자율적 연구행정 촉진

추진방향

연구자의 자유로운 도전 및 창의적 성과 창출을 위하여

현장 기반으로 실질적 체감 가능한 제도개선 추진

추진

전략

및

중점
추진

과제

도전적 연구 촉진을 위한 과제평가 패러다임 대전환

1

우수과제 선별‧지원 강화 등 단계‧최종평가 체계 혁신

2

유연한 연구목표 조정(무빙타겟) 체계 전면 도입

3

전문성‧공정성 제고를 위한 평가위원 제척기준 등 보완

연구비 집행 자율성·책임성 강화

4

단계 구분에 따른 연구비 집행 간소화

5

연구시설‧장비 수의계약 한도 완화

6

간접비 비율 고시 시기 정례화‧변경절차 개선

7

연구수당 지급 기준 개편

연구행정 효율성 강화

8

부처‧회계법인별 연구비 기준 표준화

9

연구비 사용실적 보고 간소화

10

연차보고서 제출의무 예외 신설

국제공동연구 관리 체계화

11

연구개발비 집행관리 강화

12

연구단계별 IP 확보 지원

Ⅲ. 세부 추진방안(안)

1		도전적 연구 촉진을 위한 과제평가 패러다임 대전환

(1) 우수과제 선별‧지원 강화 등 단계‧최종평가 체계 혁신
	혁신법 및 시행령			연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“우수한 성과를 거두어도 실질적인 보상이 없어 연구 의욕이 저하됩니다.”

▪”도전적이고 창의적인 연구과제 수행을 위한 실패의 허용이 실질적으로 이루어질 수 있어야 합니다.”

□ 관련 현황

ㅇ 목표 달성이 용이한 연구를 선택하는 관행에서 벗어나 도전적 연구를 촉진하기 위하여 결과 중심의 4등급제(우수‧보통‧미흡‧극히 불량)를 폐지

※ 「국가연구개발혁신법」 시행령 및 과제평가표준지침 개정(‘26.7월)

ㅇ 이에 단계‧최종 평가시 과정의 성실성을 기본으로 하고, 평가결과에 따라 실질적인 인센티브로 이어지는 새로운 방식의 성과관리 체계 도입 필요

□ 개선방안

ㅇ 법령위반, 협약상 의무 미이행, 연구부정 등 수행과정이 불성실한 경우에 한정하여 ‘부적절 과제’를 분류하고 연구비환수, 참여제한 등 패널티 부여

ㅇ 단계‧최종 평가 시 우수과제를 선별하여 후속과제를 지원하고, 범부처 대국민 보고회‧우수성과 100선 및 정부포상 연계

- (괄목할만한 성과) 학문적 기여도, 산업‧경제적 파급효과, 사회문제 해결 우수성 등을 기준으로 ‘성과 우수’ 과제를 선별하여 후속연구 지원

- (의미있는 도전) 혁신적 목표는 미달성하였으나, 수행과정에서 생산된 ‘시행착오 결과물(데이터, 지식, 연구방법)이 우수한’ 연구를 선별하여 후속연구 지원

□ 향후 추진계획(안)

ㅇ 세부 추진방안 마련(’26.10월) → 전면 시행(’27.1)

(2) 유연한 연구목표 조정(무빙타겟) 체계 전면 도입
√	혁신법 및 시행령			연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“신약 개발, AI 분야 등 환경 변화가 빠른 특정 분야의 경우에는 연구주제 및 연구목표를 빠르게 변경할 수 있으면 좋겠습니다.”

▪“연구목표 변경을 위한 협의 및 승인까지 너무 오랜 기간이 소요됩니다.”

□ 현황 및 문제점

ㅇ 혁신법상 ①협의에 의한 협약변경(제11조제2항) ②단계평가 결과 목표변경(제12조제3항) ③특별평가를 통한 목표변경(제15조)이 가능

ㅇ 다만, 협의에 의한 경우 무빙타겟 관련 공통 가이드라인 부재로 목표변경 승인 여부가 보수적으로 해석되는 경우가 일반적이며,

- 신속한 변경이 필요한 경우에도 사전검토, 위원회 심의 등 절차에 최소 3주 이상이 소요되어 적시 대응 타이밍을 상실하는 경우 발생

□ 개선방안(안)

ㅇ 일정한 경우 연구목표 변경을 원칙적으로 허용하고, 그 외 경우에도 승인절차, 처리기한 등을 구체화하여 무빙타겟의 현장활성화 촉진

※ 협약변경을 통해 시범사업에 적용하고 그 결과를 환류하여 규정 반영

구분	현행	개선(안)
연구목표 변경 절차	전부 승인사항으로, 대부분의 경우 신청, 사전검토, 위원회 검토, 승인 등 절차를 필수적으로 수반(범부처 공통 기준 부재)	연구목표를 명확히 상향조정하려는 경우 변경을 원칙적으로 허용하고, 연구목표 변경에 관한 범부처 공통 처리절차‧기준 마련
처리 소요시간	최소 3주 이상이 소요되며, 지연시 2달 이상 걸리는 경우도 발생	일반적인 경우 일주일 내(연장시 최장 2주 이내) 신속한 검토‧처리 원칙 수립

□ 향후 추진계획(안)

ㅇ 시범사업 적용(9월~) → 매뉴얼 및 법령 개정(하반기~) → 개선안 전면시행(ʼ27.1)

< 유연한 연구목표 변경(무빙타겟) 활성화를 위한 세부방안(예시) >

① 유연한 연구목표 변경 적용 대상

ㅇ 원칙적으로 전체사업을 대상으로 적용하되, 신속 변경 또는 검토기한 적용 배제 등이 요구되는 예외적 사업의 기준* 마련

* (예시) 연구목표 고정의 필요성이 높은 체계개발사업, 인프라 구축 등 연구개발자체가 주 목적이 아닌 사업, 그 외 제외가 필요한 사업으로 장관이 인정하는 사업 등

② 연구목표 변경 절차 수립

ㅇ (공통 절차) 연구자가 연구목표 변경을 신청하면, 전문기관(PM‧PD 또는 검토위원회)에서 신청일 기준으로 일주일 이내 검토 필수

※ 단, 부득이한 사유가 있는 경우 최대 일주일의 기간 내에서 검토 기한 연장 가능(신청일 기준 일주일 이내 연구자에 통보 필수)

- (신속 변경 사항) 목표의 상향조정이 명확한 경우 또는 명백한 선진기술로 대체하려는 경우 검토기한 도과 직후 변경된 협약내용 적용

- (추가 검토 사항) 그 외의 경우 전문기관 검토를 거쳐 변경여부를 통보하되, 기한 연장이 필요한 경우 처리기한을 정하여 검토기한 내 안내

※ 신속 변경 사항에 해당하더라도 전문기관에서 필요하다고 판단 시 추가 검토 실시

ㅇ (검토 주체) 신속한 검토를 위하여 PM‧PD 또는 사업별 3~5인 내외의 상설 검토위원회* 구성‧운영(사업추진위원회 내 소위원회 형식 등)

* 선정평가 위원 또는 사업추진위원회 위원 중 기술전문가 선임을 우선적으로 고려

< 연구목표 변경 절차(안) 흐름도 >

	연구목표 변경 신청 (연구자→전문기관)
			신속 변경 사항	별도 조치 불필요 ※ 원칙적으로 신청 1주일 후 협약변경 효과 발생
	□	□
	절차 등 검토 (PM 또는 검토위)
		□	추가 검토 사항	변경여부 통보 또는 처리기한 연장 안내 ※ 신청후 1주일 내 원칙 (전문기관→연구자)							□ (기한 연장시)	변경여부 검토 (PM 또는 검토위원회)		□	변경 여부 결정‧통보 (전문기관→연구자)
						변경 신청 일주일(연장시 최장 2주일) 후

③ 변경 승인기준 공통 가이드라인 마련

ㅇ 범부처 공통 연구목표 변경 승인기준을 네거티브 방식으로 규정, 현장 예측가능성을 제고하고 무빙타겟이 보다 활성화 되도록 촉진

(3) 평가의 전문성‧공정성 제고를 위해 평가위원 제척기준 등 보완
√	혁신법 및 시행령			연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“대학 및 출연연과 달리, 기업의 경우 부서가 상이하더라도 이익을 공유하는 관계에 있으며, 중소기업은 현실적 제약으로 최소 부서단위 제척기준 반영이 어렵습니다.”

▪"일부 선정 평가에서는 자질이 부족한 평가위원이 빈번하게 선정되어 운영되고 있습니다."

□ 현황 및 문제점

ㅇ 평가위원 전문성 제고를 위해 이해관계자의 범위를 동일 부서로 한정하는 등 상피제를 완화*하여 현장에 적용 중이나,

* 평가위원 구성시 평가대상 연구책임자와 같은 기관 내에서도 동일한 임무를 수행하는 최하위 단위의 조직(부서)에 소속자에 한하여 제척대상으로 규정(혁신법 시행령 제27조, ’24.12~)

- 현 제척기준은 실질적 이해 관계자* 제척‧회피에 한계가 있으며, 부적절** 평가위원을 관리하는 체계도 미흡

* (예시) 학위논문 심사 관계, 동일분야 협업, 동일 학회 임원, 과거 과제 경쟁관계 등

** 경력, 국가연구개발 성과 위‧변조, 연구부정 등

□ 개선방안(안)

ㅇ (제척‧회피기준) 일률적인 현행 제척기준에 대해 사안별로 세부 기준을 마련하고, 선정된 평가위원의 자발적 회피신청 기준 및 절차 신설

ㅇ (평가위원 관리기준) 전문기관 및 부처가 평가단 구성 시, 연구부정 등 과제평가단 전문성을 저해할 우려가 있는 평가위원을 배제할 수 있도록 근거와 기준을 마련하고 시스템(IRIS)에 일괄 적용

현행	개선(안)
과제평가단 구성 시 동일한 임무를 수행하는 최하위 단위 조직을 기준으로 제척 여부 판단	① 현행 모호한 제척‧회피 기준 구체화 등 보완 ② 부적절 평가위원 관리 기준 마련

□ 향후 추진계획(안)

ㅇ 제척기준‧우수평가위원 활용 등 세부 기준 마련(~10월)

2		연구비 집행 자율성‧책임성 강화

(4) 단계 구분에 따른 연구비 경직성 대폭 완화
	혁신법 및 시행령		√	연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“단계를 넘어가는 잔액 이월의 경우 공문-신청-입력 등 다단계 절차가 필요하고 처리기간이 상당히 소요되어 연구비의 적시사용이 어려운 경우가 많습니다.“

▪ “2단계 시작 시점부터 필요한 연구개발 장비를 절차지연 등의 사유로 1단계 종료 시점에 맞추어 구매하지 못하면 다음 단계 연구 일정에 심각한 차질이 생깁니다."

□ 현황 및 문제점

ㅇ (직접비 이월) 직접비를 다음 단계로 이월하려는 경우 단계평가가 종료되어 결과가 확정된 이후 비로소 이월 절차(승인) 진행 가능

- 이러한 상황에서 단계종료 후 연구개발비 이월 승인까지 상당한 시간이 소요되어 연구개발비 적시 사용에 제한(단계평가 지연 등에 따른 불편 가중)

ㅇ (시설‧장비 도입기한) 단계별 과제는 단계종료 2개월 전까지 장비 도입을 완료해야 하나, 수급지연 등으로 기한을 맞추지 못하는 사례가 발생하며,

- 이로 인해 다음 단계 연구 개시 시점에 필수 장비가 부재하여 전체적 연구 일정이 지연되는 비효율 초래

□ 개선방안

ㅇ (이월 간소화) 해당 단계 종료 시점에 잔액(직접비)을 자동 이월하여 단계평가 결과 확정 전까지 인건비 용도에 한하여 사용할 수 있도록 허용

※ 단계평가에 따라 다음 단계가 진행되는 경우 이월금으로 사후 승인(협약변경)하고, 과제가 종료되는 경우에는 해당 단계 집행내역으로 인정(기간연장 처리)

ㅇ (장비 도입기한 완화) 연구시설‧장비 도입시기 제한을 과제종료일 기준 일정 기간 전으로 하고 단계종료일 기준 제한은 삭제(사용기준 제23조 개정)

구분	현행	개선(안)
단계이월 절차	다음 단계 진행 확정 후 절차 진행	단계 종료시 자동이월 및 인건비 집행 허용
장비도입 기한	단계종료일 2개월 전	전체 과제 종료일 기준 일정 기간 전

(5) 국가R&D 연구시설‧장비 수의계약 한도 상향기준 반영
	혁신법 및 시행령			연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“연구시설‧장비 단가는 매년 상승하는데 수의계약 한도는 몇 년째 바뀌지 않고 있어 연구에 필요한 장비를 구매하는데도 복잡한 구매 절차를 거쳐야 합니다.“

□ 현황 및 문제점

ㅇ ｢국가계약법 시행령｣에 따라 대학, 출연연 등 연구기관은 2천만원 이하의 연구장비 구입 시에만 수의계약이 가능

- 이에, 연구자의 연구몰입 환경을 조성하고 연구진행 속도를 저해하지 않도록 국가R&D 연구장비에 수의계약 한도 상향 추진

□ 개선방안(안)

ㅇ ｢국가계약법 시행령｣에 국가R&D로 구축하는 연구장비(5천만원 이하)의 경우 수의계약 가능토록 특례 규정 신설을 재경부와 협의

※ 5천만원 이하의 국가R&D 연구시설‧장비비는 수의계약을 할 수 있도록 ｢국가계약법 시행령｣ 개정 진행 중(7.21 입법예고, 40일간 진행)

<국가계약법 시행령 제26조(수의계약이 가능한 경우) 개정(안)>

현행	개선(안)
(신 설)	9) 추정가격이 5천만원 이하인 계약으로서 ｢국가연구개발혁신법｣ 제2조제1호에 따른 국가연구개발사업의 추진에 필요한 연구시설･장비를 제조하게 하거나 구매 또는 임차하는 경우

ㅇ 국가R&D 시설·장비의 관리등에 관한 세부지침에 수의계약 한도상향 반영

□ 향후 추진계획(안)

ㅇ ｢국가계약법 시행령｣ 개정안 입법예고(7.21~, 40일간) 및 개정 완료(‘26.下)

ㅇ ｢국가연구개발 시설·장비의 관리 등에 관한 세부지침｣ 개정 추진(‘26.下)

(6) 간접비 비율 고시 시기 정례화 및 변경 절차 간소화
	혁신법 및 시행령		√	연구개발비 사용기준			기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“매년 초(1~3월)에 고시되는 간접비 비율에 변동이 있는 경우, 전년도 비율을 우선 임시 적용한 후 협약을 매번 변경하는 비효율성이 있습니다.”

▪“하나의 과제가 아닌 다수의 과제에서 간접비 비율 변경 검토 요청 및 승인이 이루어지고 있어 과도한 행정부담이 발생합니다.”

□ 현황 및 문제점

ㅇ 2년마다 간접비 고시비율 변경이 이루어지고 주로 과제협약 후 고시됨에 따라 빈번한 협약변경*(승인사항) 요구에 따른 행정부담 초래

* 간접비의 경우 단계협약 당시의 기준을 적용하게 되어있으나, 현행 연구개발비 사용기준에 따라 상시변경을 허용하고 있으며 이를 위해서는 사전 승인 필요

ㅇ 간접비비율 고시 시점이 일정하지 않아 과제가 주로 시작되는 연초에 고시비율이 변경될 경우 고시비율 적용 기준에 대한 혼란 발생

□ 개선방안

ㅇ 연중 간접비 비율 고시 시기의 정례화(예시: ~12.31)를 위하여 간접비 비율 고시를 별도의 독립규정으로 하여 신속하게 개정

ㅇ 간접비 고시비율 변동(증가)에 따라 해당 범위 내에서 간접비 총액을 증액하는 경우 통보에 의한 협약변경 사항으로 개정하여 행정부담 완화

구분	현행	개선(안)
간접비 비율 고시 시기	매년 일정하지 않음	별도 간접비 비율 고시 규정을 통하여 연중 고시 시기 정례화
간접비 비율 변동에 따른 협약변경 절차	승인사항으로 상당한 행정부담 초래	통보사항으로 규정하여 신속하게 처리

(7) 연구수당 지급 기준 명확화
	혁신법 및 시행령		√	연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“연구수당은 기여도 평가 등을 통해 지급해야 하나, 연구책임자가 본인의 지위를 이용하여 연구비 상당액을 본인에게 지급하는 도덕적 해이가 발생”

▪“연구자가 과제에 참여하는 정도(=인건비계상액)와 무관하게 연구수당을 받는 사례가 다수 존재하여 참여 연구자들의 사기가 저하”

□ 현황 및 문제점

ㅇ 20여년 전 소규모‧단년도 과제 중심에서 현재 대규모‧다년도 과제 중심으로 패러다임이 전환되었음에도 연구수당 제도는 그대로 유지

※ 예시 : (‘06년) 거점지원사업, 연 10억원 → (’26년) 거점지원사업, 연 100억원

- 과제규모에 비례하여 증액된 연구수당이 1인(연구책임자)에게 편중* 可

* (예시) 인건비의 총합이 50억인 대형과제의 경우, 특정 1인이 연구수당으로 7억 수령 可

□ 개선방안 및 고려사항

ㅇ (개선방안) 기존 기준에 더해 과제별 본인 인건비 계상액(미지급 인건비* + 지급 인건비)의 100%까지 수령가능한 배분기준 마련

※ (참고사례) 산업부는 과제별 본인 인건비 계상액의 70%를 초과하지 않도록 기운영 중

ㅇ (고려사항) IRIS 등 연구관리시스템에 개인별 미지급인건비* 입력 必

* 개인별 미지급인건비는 ①대학 내부규정에 따른 직급·호봉별 기준단가, ②연구자 본인의 직전연도 실소득(=국세청 근로소득), ③연봉계약에 따른 연봉액 中 선택하여 작성

< 연구수당 전후 비교표 >

구분		현재		개편
총액 상한		전체 인건비의 20% 범위		현행과 같음
배분 상한		연구수당 총액의 70%		현행과 같음
개인 상한		없음		과제별 본인 인건비 계상액의 100%

□ 향후 추진계획

ㅇ 연구수당 관련 규정 개정 등 제도개선 추진(9월 착수)

3		연구행정 효율성 강화

(8) 부처‧회계법인별 연구비 기준 통일성 제고
	혁신법 및 시행령		√	연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“국가R&D 수행을 위한 범부처 규정으로 국가연구개발혁신법이 시행되고 있으나 여전히 부처별 상이한 기준이 존재하여 혼란스러운 경우가 있습니다.”

▪“일부 회계법인에서는 과도한 자료를 요청하거나 회계법인별 자체 양식을 별도로 작성하여 제출할 것을 요청하여 행정부담이 심각합니다.”

□ 현황 및 문제점

ㅇ 제도개선점검단 점검(5.20~29) 결과, 대학 교원 인건비 현물 계상 여부, SW 활용비 승인‧증빙 기준, 식대 인정기준 등에서 부처별 차이 확인

ㅇ 한편, 다수 전문기관에서 회계법인에 연구비 정산업무를 위탁하고 있으나, 회계법인별 요구자료 및 인정기준이 상이하여 행정부담 초래

※ 특히, 보안과제의 경우 연구기관에 민감 정보 마스킹 제출 등 행정업무가 전가되는 경우 발생

□ 개선방안

ㅇ 부처별 연구비 기준은 가능한 혁신법의 범위를 넘어서는 제한을 폐지하도록 하되, 해당 기준이 타당한 경우 범부처 기준으로 채택*하는 등 통일성 제고

* 이 경우 영리‧비영리 등 대상기관별 특성을 고려하여 적용 대상을 구체화

ㅇ 연구비 사용기준(고시)을 연구비 사용 및 정산기준으로 확대 적용하고, 범부처 정산 가이드* 및 연구비 인정‧불인정 사례집** 발간 추진

* 연구비 정산을 주로 담당하는 회계법인 간 논의를 통해 최소한의 증빙기준 등 도출 후 공식화(대학‧출연연‧기업 등 대상기관별 맞춤형 기준 제시)

** 범정부 정책방향 등에 부합하는 기준을 제시하고 정산 및 이의신청 인용 기준 등으로 활용

□ 향후 추진계획(안)

ㅇ 연구비 정산 범부처 가이드라인 및 인정‧불인정 사례집 마련(~’27.上)

(9) 연구비 사용실적 보고 등 행정부담 경감
√	혁신법 및 시행령			연구개발비 사용기준			기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“단계보고서 및 연차보고서 모두 동일한 수준의 사용실적보고서 제출을 요구하고 있어 행정부담이 됩니다.”

▪“대학 산학협력단 입장에서 수많은 과제의 연구비 사용 비율 현황을 연중 수시로 요구받고 매번 다른 양식에 입력하느라 행정부담이 크게 느껴집니다.”

□ 현황 및 문제점

ㅇ 연구비 실시간 모니터링 시스템에도 불구, 연차보고서 표준 양식 상 연구비 사용실적 항목이 남아있어 불필요한 행정낭비 초래

※ 단, 전문기관 의견수렴 결과 단계평가시 연구비 사용 적정성이 중요한 평가항목이므로 단계평가 양식에는 유지가 필요하다는 의견이 다수

ㅇ 한편, 연구기관에서는 예산당국 등으로부터 수시로 과제별 연구비 사용률([eqn: {연구기관`사용금액} over {해당``과제`연구비`총액}], 일명 ‘실실집행률’)을 산정하여 제출하도록 요구받아 행정부담 가중

※ 집행 : 정부  → 전문기관 / 실집행 : 전문기관 → 연구기관 / 실실집행 : 연구기관(연구자) → 재화‧서비스 공급자

□ 개선방안(안)

ㅇ 연차보고서 양식(시행규칙 별지 제3호)에서 연구개발비 사용실적 항목 제거

※ 단계보고서에는 해당 항목을 유지하고, Ezbaro 또는 RCMS가 연동되지 않는 국제공동연구의 경우에는 연차별 사용실적 보고의무 유지

현행	개선(안)
단계보고서 및 연차보고서 모두 사실상 동일한 수준의 사용실적보고서 제출의무 부과 유도	연차보고서에는 연구개발비 사용실적 항목 제거(국제공동연구 등은 유지)

ㅇ 집행관련 용어정비 및 과제별 연구비 사용률 산정‧보고로 인해 초래되는 연구기관의 행정부담 경감을 위한 방안 모색

※ 추진계획(안): 현황조사(~9월) → 현장 의견수렴(~10월) → 개선방안 마련(~12월)

(10) 연차보고서 제출의무 예외 신설
√	혁신법 및 시행령			연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪ “과제 시작일과 무관하게 모든 연구개발과제에 대해 연도별 연구개발기간 종료일까지 연차보고서 제출을 요구하고 있습니다.”

▪“1차 연도 협약 연구기간이 6개월 미만(협약 지연시 3개월 미만)임에도 연차보고서 제출 의무가 발생하여 연구보다 행정에 시간이 소요되는 애로가 있습니다.”

□ 현황 및 문제점

ㅇ 모든 연구개발기관과 연구책임자에게 매년 해당 연도의 연구개발과제 수행에 대한 연차보고서를 제출하도록 규정(혁신법 제12조제4항)

ㅇ 1차 연도 또는 마지막 연도 연구기간이 6개월 미만인 과제에 대해서도 연차보고서 제출 의무를 부과하고 있어 행정부담 가중

□ 개선방안

ㅇ 1차 연도 협약 기간이 6개월 미만인 경우 해당 연도의 연차보고서는 다음 연도 연차보고서에 통합하여 제출하도록 하고,

- 마지막 연도 협약 기간이 6개월 미만인 경우 종료 직전 연도 연차보고서는 최종보고서에 통합하여 제출할 수 있도록 개선

구분

현행

개선(안)

1차 연도 협약기간이 6개월 미만인 경우

	1차 연도		2차연도				…			최종연도
	(예시:3개월)		(12개월)							(예시:9개월)
		▲				▲			▲				▲

	1차 연도		2차연도				…			최종연도
	(예시:3개월)		(12개월)							(예시:9개월)
						▲			▲				▲

최종 연도 협약기간이 6개월 미만인 경우

	1차 연도		…			종료 직전 연도					최종 연도
	(예시:9개월)										(예시:3개월)
		▲			▲					▲			▲

	1차 연도		…			종료 직전 연도					최종 연도
	(예시:9개월)										(예시:3개월)
		▲			▲								▲

※ ▲ : 연차‧단계 또는 최종보고서 제출시기

4		국제공동연구 관리 체계화

(11) 연구개발비 집행관리 강화
	혁신법 및 시행령			연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“국내 연구기관이 해외기관에 연구를 위탁하는 경우 연구비가 일단 송금되면 모니터링이 쉽지 않아 관리가 어려운 반면, 해외기관이 직접 참여하는 과제는 혁신법 상 연구비 기준을 이해시키는 데 상당한 시간과 노력이 소요됩니다.”

□ 현황 및 문제점

< (참고) 국제공동연구 유형 >

- (일반형) 국내 주관연구기관의 연구계획 등에 따라 해외기관을 활용(위탁연구)하여 연구 수행

- (공동기관형) 해외기관이 주관‧공동 연구기관 자격으로 국내기관과 공동으로 과제 수행

- (별도과제형) 국내 및 해외기관이 각각의 예산으로 별도의 과제를 구성하나 연구 내용상으로 연계‧협력

ㅇ 일반형의 경우 해외 송금 연구비에 대한 관리규정이 미비한 반면, 공동기관형은 혁신법상 사용기준의 경직적 적용이 주요 병목

ㅇ 한편, 국외에서 연구비 집행이 이루어지는 만큼, 관련 규정이 준수될 수 있도록 실질적 의무이행 확보를 위한 제도적 보완 필요(유형 공통)

□ 개선방안(안)

※ 관련 정책연구 진행 중(’26.4~10)으로, 구체적인 방안은 추후 수립 및 시행 예정

ㅇ (일반형) 주관연구기관에서 해외기관으로부터 사용실적을 보고받아 연차보고서에 첨부하고, 과제평가 시 그 타당성을 평가하는 방안 검토

※ 특히, 국내 연구자 출장시 해외 이체 연구비를 통한 편법적 중복 수혜를 방지하도록 근거 마련

ㅇ (공동기관형) 혁신법 상 기준을 따르는 것을 원칙으로 하되, 원활한 연구수행을 위하여 현지 규정을 고려한 국가별 사용기준 제시 검토

ㅇ (사후관리) 현지 회계법인 인증제도, 연구보증금 제도, 기관 자체 감사 시스템 활용 등 해외사례 등을 참고하여 실질적 의무이행장치 모색

□ 향후 추진계획(안)

ㅇ 개선방안 및 세부지침 마련(~10월) → 국제공동연구 매뉴얼 등 개정(~ʼ27.1)

(12) 연구단계별 IP 확보 지원
	혁신법 및 시행령			연구개발비 사용기준		√	기타 규정 및 서식 / 매뉴얼

□ 현장의 목소리

▪“해외 선도 대학은 R&D 계약전담팀이 있는 등 전문성이 높은 반면, 우리나라 연구기관은 상대적으로 전문성이 부족하고 연구자 개인이 직접 협상하는 경우가 많아 IP 협상에서 불리한 계약을 체결하게 되는 경우가 많습니다.”

□ 현황 및 문제점

ㅇ 국내 연구자 인식 부족, 협상기간 제약*, 연구기관의 전문성 부족 등에서 기인한 협상력 차이로 불리한 계약을 체결하는 문제제기

* 특별한 사정이 없는 경우 선정 통보일로부터 30일 이내 협약을 체결하여햐 함(혁신법 시행령 제30조)

- IP 국내 귀속이 원칙임에도 불구 준수되지 않거나(일반형), 해외 개발분에 대한 실시권 미확보로 성과 활용에 지장이 있는 경우(공동기관형) 발생

□ 개선방안(안)

※ 관련 정책연구 진행 중(’26.4~10)으로, 구체적인 방안은 추후 수립 및 시행 예정

ㅇ (공고) 정부가 핵심 계약조건 및 보호해야 할 권리 기준을 공고 단계에서 명확히 제시하고, 해당 기준을 기반으로 국내 연구기관의 협상력을 제고

※ 사업기획 단계부터 해당 연구개발사업의 추진목적을 명확히 하도록 가이드 제시

ㅇ (사전준비) 국제공동연구 예비 신청자 대상 IP관련 최소한의 사전교육을 이수하도록 하고, 상대기관과 협상 초기부터 전문가 지원을 받도록 권고

※ 연구기관의 IP 관련 전문가 확보 여부를 과제지원 요건으로 하는 등 자체 역량강화 유도 검토

ㅇ (선정~착수) 전문기관은 선정평가시 계약서 초안의 공고사항 준수여부를 심사하고, 선정과제의 계약조건이 관철되도록 모니터링‧컨설팅

- 선정 후 IP 관련 협상에 충분한 기간을 허용하고 전문가 활용을 지원

※ 협약기한 예외 적용, 최초 협약시 IP관련 사항 확정 유예, 협약 前 전문가 활용비 지원 등 검토

□ 향후 추진계획(안)

ㅇ 개선방안 및 세부지침 마련(~10월) → 국제공동연구 매뉴얼 등 개정(~ʼ27.1)

Ⅳ. 향후 계획(안)

□ 혁신법 시행령 및 연구비 사용기준(고시) 개정 초안 마련 : ~ ’26.10월

□ 혁신법 시행령 및 연구비 사용기준(고시) 개정 완료 : ’27.초

□ 혁신법 매뉴얼 개정 등 각종 가이드라인 현행화 : ~ ’27년 상반기

< 과제별 추진일정(안) >

과제명		구분	일정
□ 도전적 연구 촉진을 위한 과제평가 패러다임 대전환
	우수과제 선별‧지원 강화 등 단계‧최종평가 체계 혁신	세부방안 마련	’26.10월
	2. 유연한 연구목표 조정(무빙타겟) 체계 전면 도입	매뉴얼 반영	~’26.12월
	3. 전문성‧공정성 제고를 위한 평가위원 제척기준 등 보완	세부기준 마련	~’26.10월
□ 연구비 집행 자율성‧책임성 강화
	4. 단계 구분에 따른 연구비 집행 간소화	연구비 사용기준(고시) 개정	~’27.초
	5. 연구시설‧장비 수의계약 한도 완화	세부지침 개정	’26.하
	6. 간접비 비율 고시 시기 정례화‧변경절차 개선	별도 규정 제정	~’27.상
		연구비 사용기준(고시) 개정	~’27.초
	7. 연구수당 지급 기준 개편	관련 규정 개정 착수	’26.9월~
□ 연구행정 효율성 강화
	8. 부처‧회계법인별 연구비 기준 표준화	가이드라인‧사례집 마련	~’27.상
	9. 연구비 사용실적 보고 간소화	시행규칙 개정 (사용실적 보고 관련)	~’26.12
		방안 마련 (과제비 사용률 관련)	~’26.12
	10. 연차보고서 제출의무 예외 신설	시행령 개정	~’27.초
□ 국제공동연구 관리 체계화
	11. 연구개발비 집행관리 강화	매뉴얼 반영	~’27.1월
	12. 연구단계별 IP 확보 지원	매뉴얼 반영	~’27.1월

과기정통부 성과평가정책국 연구제도혁신과
담당자	정 담 사무관
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