문서번호	서울시립대학교산학협력단-153
보존기간	5년
결재일자	2015.01.06.
공개여부	공개
방침번호	총장 방침 제(14)호

주무관	산학협력부장	산학협력부단장	산학협력단장	총장
협 조
	산학기획지원팀장

산학협력단 연구개발사업 등에 관한 부가가치세 관리방안

서울시립대학교

산학협력단

::: 해당사항이 없을 경우 ‘무 ■’ 표시하시기 바랍니다.
검토항목	검 토 여 부 (■ 표시)
시민참여 고려사항	●	시민	:	유 □	(		)	무 ■
	●	이해당사자	:	유 □	(		)	무 ■
	●	전문가	:	유 □	(		)	무 ■
	●	옴 브 즈 만	:	유 □	(		)	무 ■
법령및기타 고려사항	●	법령규정	:	교통 □ 환경 □ 재해 □ 기타 □				무 ■
	●	기타	:	고용효과 □ 성인지 □ 균형인지 □
				취약계층 □ 장애인 □ 노동인지 □ 디자인 □
				갈등발생 가능성 □유지관리 비용 □				무 ■
타자원의 활용	●	중앙부처	:	유 □	(		)	무 ■
	●	민간단체	:	유 □	(		)	무 ■
	●	기업	:	유 □	(		)	무 ■
관 계 기 관 및 단체 협의	●	관계기관	:	유 □	(		)	무 ■
	●	관련단체	:	유 □	(		)	무 ■

산학협력단 연구개발사업 등 부가가치세 관리 방안

산학협력단이 수행하는 사업 중 부가가치세 과세 범위 검토 및 부가가치세 관리 방안 마련을 통하여 세법 준수 및 연구개발비 관리에 만전을 기하고자 함

Ⅰ		추진배경 및 목적

○ 부가가치세법 시행령 개정(′14. 1. 1)에 따라 2014년부터 산학협력단이 제공하는 연구용역이 면세범위에 속하지 않는 경우 부가세 과세 적용

○ 연구개발비 편성 및 정산에 필요한 부가가치세 관련 처리기준 마련을 통해 연구현장의 혼란 방지 및 연구개발비 관리의 정확성 제고

Ⅱ		관련법령 및 규정

□  관련법령

○ 「부가가치세법」 제26조

- 재화 또는 용역의공급에 대한 면세

① 다음 각 호의 재화 또는 용역에 공급에 대하여는 부가가치세를 면세한다.

15. 저술가·작곡가나 그 밖의 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역으로서 대통령령으로

정하는 것

○ 「부가가치세법 시행령」 제42조

- 저술가 등이 직업상 제공하는 인적용역으로서 면세하는 것의 범위

: 법 제26조제1항제15호에 따른 인적(人的) 용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는

사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함

한다)으로 공급하는 다음 각 호의 용역으로 한다.

2. 개인, 법인 또는 법인격 없는 사단·재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로

용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역

나. 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역

○ 「부가가치세법 시행령」 제45조

- 종교, 자선, 학술, 구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위

: 법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로

하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

2. 학술연구단체나 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 또는 용역

○ 「부가가치세법 시행규칙」 제32조

- 학술연구용역과 기술연구용역의 범위

: 제42조제2호나목에서 “기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역”이란

새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한

연구용역을 말한다.

○ 「부가가치세법 기본통칙」 12-35-4

- 학술연구용역과 기술연구용역의 범위

: 독립된 사업으로 제공되는 학술 또는 기술연구용역은 새로운 학술이나 기술을 개발하기

위하여 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등을 연구하는 것이므로 신제품을 개발하거나

제품의 성능이나 질ㆍ용도 등을 개선시키는 연구용역에 대하여는 면세한다.

□  관련규정

○ 국가연구개발사업 관련 규정 제12조의 2

- 연구개발비에서 집행되는 관세, 부가가치세 등은 「관세법」, 「부가가치세법」 등 관련 세법에 따라 신고할 것

○ 미래부 소관 과학기술분야 연구개발사업 처리규정 제24조

○ 교육부 소관 이공분야 연구개발사업 처리규정 제24조

○ 국가연구개발사업 연구비 관리 표준매뉴얼

- 연구비 부당집행 기준 : 환급받을 수 있는 관세, 부가가치세 등 금액을 집행금액으로 포함시킨 경우 해당 금액

Ⅲ		부가세 적용범위

□  적용구분

○ ‘14년도 협약과제부터 산학협력단이 수행하는 연구개발사업 등이 관련 세법에 의거 면세범위에 속하지 않는 경우 과세 적용

구 분	대가성 여부에 대한 판단기준		과세여부
국가연구개발사업 연구과제 (대가성이 없는 과제)	연구결과물 권리 귀속 및 활용이 산학협력단 소유	대가성 無	기존과 동일 면세
국가연구개발사업 위탁과제	연구결과물 권리 귀속 및 활용이 지원기관 소유	대가성 有	부가가치세 10% 과세 단, 부가세법 규칙 제32조 새로운 학술 또는 기술개발 (신이론 방법 등에 관한 연구)에 한하여 면세
연구용역
자문용역	연구결과물 권리 귀속 및 활용이 지원기관 소유	대가성 有	부가가치세법 10% 과세
조사용역 등 일반용역

※ 대가성 여부에 대한 판단기준 : 연구협약서 내용 중 연구결과물 권리 귀속 및 활용에 대한 문구

※ 교육용역은 부가가치세법 제36조에 근거하여 면세 적용

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설 등에서 학생, 수강생, 훈련생, 교습생 또는 청강생에게 지식, 기술 등을 가르치는 것으로 한다.

3. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따른 산학협력단

□  면세적용 조건

○ 연구책임자가 수행하는 사업의 성격이 연구인지, 자문인지, 조사용역인지 판단 필요

○ 국가연구개발사업 위탁과제 및 연구용역과제의 경우에는 새로운 학술 또는 기술개발(신이론 방법 등에 관한 연구)인지에 대한 판단 필요

○ 판단의 주체는 연구 특성상 “연구책임자”가 수행

○ 국세청에 제시할 면세 적용 관련 증빙자료 구비 필요

○ ‘면세적용확인서’ 양식 제출

- 연구책임자는 새로운 이론·기술·학술 관련 연구로 판단하여 면세를  적용하고자 하는 경우 면세적용확인서를 작성하여 제출해야 함

○ 「국세청 조세예규판례 사례」 안내

- 연구책임자 판단시 참고할 수 있도록 배포

※ 새로운 학술·기술용역에 해당하여 부가가치세 면세를 적용한 경우 추후 국세청에서 이에 대한 입증을 요구할 수 있으며, 국세청은 해당 범위를 엄격하게 해석하고 있음.

Ⅳ		부가세 관리 절차

□ 과제협약시 : 국가연구개발사업 위탁과제 및 연구용역과제의 경우

과 세 대 상	면 세 대 상
• 협약서상 부가세 문구 명확히 기재 필요 : ‘부가세 포함’ 또는 ‘부가세 별도’ 문구 명확한 기재 • 총 연구개발비 = 공급가액 + 매출부가세 • 공급가액 = 직접비 + 간접비 • 매출부가세 = 공급가액의 10% : 연구비 사용가능 금액에세 제외 (추후, 국세청 납부할 금액) • 협약서상 부가세 문구 불분명할 경우 계약금액에 부가세가 포함된 것으로 간주되어, 연구비 사용 가능 금액 감소함. • 연구개발비 청구 혹은 수령시 전자세금계산서 발행 필수 ※ 연구계획서 작성 시 매출부가세는 부가세 항목으로 편성 (단, 사업별로 별도 규정이 있는 경우 해당 규정에 따름) ※ 간접비는 각 사업별 계상기준에 따라 계상하되, 매출부가세 제외하고 계상	• 면세적용확인서 제출 - 국세청에 제시할 면세 적용 관련 증빙자료 구비 필요 • 연구개발비 청구 혹은 수령시 전자계산서 발행 필수

□ 연구비 정산시

과 세 대 상	면 세 대 상
• 연구개발비의 실 집행액으로 정산하되 국세청으로 부터 공제 가능한 매입부가세는 제외하고 정산 ※ 환급받을 수 있는 관세, 부가세 등 금액을 집행금액 으로 포함시킨 경우 연구개발비 부당집행금액으로 회수대상에 포함 (국가연구개발사업 연구비 관리 표준매뉴얼, 2014.4)	• 연구개발비의 실 집행액으로 정산

□ 매입부가세 공제 관리

○ 적용내용

- 부가세 과세되는 과제에서 집행하는 비용 중

- 세금계산서 및 신용카드를 사용한 경우 해당 증빙에 기재된

- 매입부가세 중 공제 가능한 금액은 제외하고 정산해야 하며, 해당 과제 집행 비용에 포함되지 않음

- 공제가능한 금액은 부가세 매출세액에서 차감하여 납부하게 됨

○ 신용카드 사용분 공제범위

- 일반과세자 발행 신용카드 전표 중 목욕, 이발, 여객운송, 입장권 관련 비용 제외한 비용

○ 매입부가세 공제를 위한 마감기한

- 계속 진행 중인 과제의 경우 분기별 익월 10일까지 과제별로 정산, 승인 완료된 건에 한하여 매입부가세 공제

- 종료 예정 과제의 경우 연구과제 종료기한 20일 이전까지 정산, 승인 완료된 건에 한하여 매입부가세 공제 (연구과제별 별도 규정이 있는 경우 해당 규정 적용)

- 기한 내에 미제출의 경우 매입부가세 공제 불가하여 해당 부가세 포함하여 과제비용으로 반영되며, 매입부가세는 연구비 부당집행금액으로 회수대상에 포함되므로 반드시 기한 내에 정산완료 협조 바람

※  참고사항 : 부가가치세 신고납부기간

과세대상기간		신고납부기간
예정신고	1.1~3.31	4.1~4.25
확정신고	1.1~6.30	7.1~7.25
예정신고	7.1~9.30	10.1~10.25
확정신고	7.1~12.31	다음해 1.1~1.25

Ⅴ		행 정 사 항

○ 대학행정정보시스템 유지보수 추진 : 2015. 5월 중 완료

- 연구과제별 매출부가세 및 매입부가세 관리할 수 있는 시스템

- 시스템 유지보수 완료 후 사용방법 안내 예정

- 시스템 유지보수 전에는 과제별 수기 관리

○ 부가가치세 관리 방안에 대한 연구책임자 안내

- 매입부가세 공제 및 정산서 기한 내 제출에 대한 분기별 안내

※ 별첨

1. 면세적용확인서 1부

2. 국세청 조세예규판례 사례 정리 1부

3. 관련 부가가치세법 조문 1부

4. 국가연구개발사업 위탁과제 부가세 처리방법 안내(한국연구재단)

5. 국가연구개발사업 위탁과제 부가세 처리(안)